宏基因组汞代谢基因流程marky-coco使用

##   marky-coco  https://github.com/ericcapo/marky-coco
##    用于筛选汞代谢相关基因，提供比对、定量、注释等全流程服务

####单样品直接使用它的流程，一条命令即可

    bash marky.sh sample

####当你有很多样品，想混拼时，可以自己构建所需要的中间文件
    ##1. sample_tmp/sample_P1.fastq & sample_tmp/sample_P2.fastq # cleaned fastq files
    ##2. sample_tmp/sample_megahit/final.contigs.fa # megahit outputs
    ##3. sample_tmp/sample.bam # bowtie2 outputs  ###这里除了bam文件，还要把索引文件放进去
    ##4. sample_tmp/sample_proteins.faa # prodigal (or prokka) outputs
    ##5. sample_tmp/sample_counts.tsv # featureCounts outputs

##1. 质控后的序列，可以选择fastp，也可以选择其他的如kneaddata

##2. final.contigs.fa，按照流程推荐的，选择megahit
    conda install megahit
    
##3. sample.bam，使用bowtie2构建索引，并输出排序后的比对文件
    conda install bowtie2
    #构建索引    
    bowtie2-build ${sample}_tmp/${sample}_megahit/final.contigs.fa   ###注意，这里如果final.contigs.fa太大，输出的索引文件后缀为bt2l，需要改为bt2。

${sample}_tmp/${sample}_index
    #输出bam文件
    bowtie2 -p 10 -x ${sample}_index -1 ${sample}_tmp/${sample}_P1.fastq -2 ${sample}_tmp/${sample}_P2.fastq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > ${sample}_tmp/${sample}.bam

##4. proteins.faa
    conda install prodigal
    prodigal -i test.fna -f gff -o gene.gff3 -d  gene.fna -a gene.faa   ##主要使用它的gff文件

##5. sample_counts.tsv使用featureCoutns
    conda install subread
    featureCounts -t CDS -o {output} -g ID -a {input.gff} {input.bam}

##最后将这些文件放到sample_tmp文件夹中，运行最后一条命令即可

        bash marky.sh sample