qiime2 学习 测序公司返回合并后的数据后续处理

参考：Alternative methods of read-joining in QIIME 2

将样品送去测序公司进行双端测序后，测序公司返还的是去掉barcodes、primers，合并好后的测序数据的处理方式：

qiime tools import \
  --input-path fj-joined/manifest \
  --output-path fj-joined-demux.qza \
  --type SampleData[JoinedSequencesWithQuality] \      注意类型：SampleDate[JoinedSequencesWithQuality]
  --input-format SingleEndFastqManifestPhred33         按单端数据格式：SingleEndFastqManifestPhred33 

qiime demux summarize \
  --i-data fj-joined-demux.qza \
  --o-visualization fj-joined-demux.qzv         根据plot图来确定碱基切割位点

后续处理：Deblur

质量控制
qiime quality-filter q-score-joined \ --i-demux fj-joined-demux.qza \ --o-filtered-sequences fj-joined-demux.qza.qza \ --o-filter-stats fj-joined-demux.qza-stats.qza

 

Deblur处理

qiime deblur denoise-16S \
  --i-demultiplexed-seqs demux-joined-filtered.qza \
  --p-trim-length 250 \
  --p-sample-stats \
  --o-representative-sequences rep-seqs.qza \
  --o-table table.qza \
  --o-stats deblur-stats.qza

qiime feature-table summarize \
  --i-table table.qza \
  --o-visualization table.qzv

qiime feature-table summarize \
  --i-table table.qza \
  --o-visualization table.qzv \
  --m-sample-metadata-file sample-metadata.tsv

qiime feature-table tabulate-seqs \
  --i-data rep-seqs.qza \
  --o-visualization rep-seqs.qzv