系统发生分析

1.基于距离的系统发生分析
https://wenku.baidu.com/view/791abe67b4daa58da0114a87.html
2.系统发生分析
https://wenku.baidu.com/view/481209cb05087632311212af.html
https://wenku.baidu.com/view/481209cb05087632311212af.html?pn=51
https://max.book118.com/html/2018/0216/153474793.shtm
https://max.book118.com/html/2017/0617/116063975.shtm
https://max.book118.com/html/2015/0908/24931261.shtm
*经典系统发生学：主要是物理或表型特征，如生物体的大小，颜色，触角个数
*现代系统发生学：利用从遗传物质中提取的信息作为物种特征，具体就是核酸序列或者蛋白质分子（分子层次）
*关于现代人起源的研究：线粒体DNA
*树根代表进化历史最早；找不到树根，则系统发生树是无根树
*有很多棵可能的系统发生树，但是只有一棵树是正确的，所以系统发生分析的目标是 寻找这颗正确的树
*系统发生分析的步骤：序列比对—确定替换模型—构建系统发生树—评价所建立的树
*两类数据：距离，离散特征
*系统发生树的构建方法有两大类：
–基于距离：非加权分组平均，邻近归并，Fitch-Margoliash，最小进化
–基于离散特征：最大简约，最大似然，进化简约，相容性方法

3.常用软件：


4.外围群：

5.建树方法及流程：

建树步骤：
https://wenku.baidu.com/view/3c4b120e84868762caaed5bd.html
将需要比对的序列拷贝到txt文本中，然后用用clustal软件转换文件格式，然后用maga打开转换成mega格式，然后再构建系统进化树的。
6.同源概念：

7.信息位点：

8.生物信息学常用算法：
https://wenku.baidu.com/view/18b453e9a32d7375a5178070.html
马氏模型，打分矩阵等