0、写在前面
① 为生物科学领域所用,简单的Matlab代码实现细胞划痕(Wound healing)实验面积计算;
② 原理很简单,就是把原始图片经过“灰度处理 => 模糊处理 => 二值化处理”后,变成“非黑即白”的图片,然后计算白色区域(划痕区域)的面积;
③ 注意:代码鲁棒性不是很强,对图片质量要求较高,在拍摄显微图片时最好选择明暗变化不大,没有光污染,细胞分布均匀的区域,如下图所示:
④ 生物科学图像处理领域,还是推荐ImageJ这个软件。
1、Matlab代码及详细注释
clear all; clc;
% 加载原始图片,将图片放入同一文件夹下,并修改下方图片名
M = imread('nc.tif');
subplot(2,3,1);
imshow(M);
title('原始图片');
% 彩色图片转为灰度图
grayimg = rgb2gray(M);
subplot(2,3,2);
imshow(grayimg);
title('转为灰度图');
% 纵向运动模糊
Y = fspecial('motion',200,90);%motion为运动模糊,第二个参数表示强度,第三个参数表示运动角度
grayimg = imfilter(grayimg,Y,'replicate');
subplot(2,3,3);
imshow(grayimg);
title('添加纵向运动模糊');
% 横向运动模糊
Y = fspecial('motion',50,0);%motion为运动模糊,第二个参数表示强度,第三个参数表示运动角度
grayimg = imfilter(grayimg,Y,'replicate');
subplot(2,3,4);
imshow(grayimg);
title('添加横向运动模糊');
% 带通处理,增强对比度
grayimg = imadjust(grayimg, [0.15 0.5], [0 1]);
subplot(2,3,5);
imshow(grayimg);
title('增强对比度');
%二值化,非黑即白
[width,height]=size(grayimg);
T1=25; % T1是非黑即白的界限值,不同图片的界限值可能不同,视情况修改此值即可
for i=1:width
for j=1:height
if(grayimg(i,j)<=T1)
BWimg(i,j)= 255;
else
BWimg(i,j)= 0;
end
end
end
subplot(2,3,6);
imshow(BWimg);
title('二值化处理');
% 计算白色区域面积,其实就是计算有几个白点
round_area = regionprops(BWimg,'Area');
fprintf('Area_of_Woundhealing = %f\n', round_area(255).Area);
2、运行结果
① 图片处理过程:
② 划痕面积计算结果:
Area_of_Woundhealing = 485164.000000