Gromacs NOTE,WARNING等问题(1)

在能量优化过程中出现下面的问题，请问会对结果造成不良影响吗，应该怎样解决？
step 13: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
我的能量优化进行得很缓慢，请问这是为什么？该怎么解决？

通过尝试这些建议，你可能能够加速你的能量优化过程并提高其收敛速度。在调整模拟参数时，注意逐步进行变化，以便更好地理解每个参数调整对结果的影响。
gmx mdrun -v -deffnm em -ntmpi 64 -ntmpi选项得作用是什么？

gmx editconf 命令如何将gro文件内的多条没有链ID信息的链用-label选项加入链ID并放入同一个pdb文件？

请注意，这只是一种可能的方法，具体的实施可能需要根据你的具体情况进行调整。