RNA-seq做数据质控

最新推荐文章于 2022-12-07 18:20:36 发布
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分类专栏： RNA-seq
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本次我利用ky老师的数据进行第一次RNA-seq分析流程训练，本次的样品为DIPG4-3,4各两组

RNA-seq做数据质控

1.使用fastqc命令对数据进行质控

首先进入存有数据的目录中，并对目录进行变量命名

dir=/f/xudonglab/yuanye/projects/kongyu/RNA_seq/2021_02_22

使用fastqc命令进行数据质控

(base) yuanye@DNA:~/projects/kongyu/RNA_seq/2021_02_22$ fastqc -t 4 -o ${dir}/fastQC_report/ ${dir}/clean_data/*.fq.gz

过程及结果完成图
在这里插入图片描述

在这里插入图片描述
得到的结果文件有.html和zip文件。

CHarLoTTe♚
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