网络药理学：10、分子对接之pocasa、proteins.plus、Deepsite、SwissModel网站预测蛋白口袋

前言

配体的结合需要疏水作用，通常来说，疏水性空腔（开口小、肚子大、能容纳一定体积的分子结构）更有可能成为口袋。当我们复现网络药理学文章时可能经过前面的筛选，依旧有数个乃至数十个蛋白需要做分子对接验证。此时如果我们能预测蛋白口袋，那么可以大大加速后续的分子对接过程。

那么我们该如何去预测一个蛋白是否有潜在的蛋白口袋呢？
这里我们以PUB ID为5T01的蛋白来做预测。

预测蛋白口袋网站地址总览：

• pocasa：https://g6altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/service/pocasa/
• proteins.plus：https://proteins.plus/
https://open.playmolecule.org/landing

Pocasa预测蛋白口袋

在这里介绍一个网站叫pocasa（刚进去会提示有风险，选择继续进入即可）
https://g6altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/service/pocasa/
网站首页如下：

Chain ID默认为NULL，表示选择蛋白文件的第一条链。
我们将PUB ID输入进去，然后直接点击Get Pockets and Cavities即可开始预测。
然后页面如下：

我们首先看右边的Rank Order的部分，是空的，意味着它预测出来A链上是没有口袋的。
相应的，左边Output files的部分，如果有口袋的话，会存在一个5T01_TopN_pockets.pdb的文件。
我们点击页面左下角的Back返回或者直接浏览器后退返回（推荐后者，因为前者的话会将表单所有输入清空，后者会保留）
将 Chain ID改为B，表示选择蛋白文件的第二条链，再次预测，如下：

这次我们看到了Rank order中有值了。
POCASA这个网站告诉了我们一共生成了多少个Pocket，每个Pocket都有自己的编号，按照体积排序，依次是Rank 1、2、3……通常，体积最大的Pocket最有可能是真正的蛋白口袋，但体积太大也有可能是假口袋。最保险的做法是进行可视化分析。这里我们知道了在B链上可能存在一个编号为23，体积为41的口袋。

我们再看到左边Output files的部分，一般都将xxx.pdb文件和xxx_TopN_pockets.pdb的文件下载下来。
接着我们再预测C链和D链，预测出来口袋都是0。

接着我们把如上两个文件放进pymol可视化分子，以cartoon形式显示蛋白B链，以spheres形式显示pockets并且为红色，如下：可以看到这个口袋实际上和B链只接触了一点点，一点都不像一个口袋，它应该是个假口袋。所以我们排除这个蛋白，不去做分子对接。

proteins.plus预测蛋白口袋

我们也可以用protein.plus这个网站去预测（进入较慢，可能需要外网环境）
https://g6altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/service/pocasa/
刚进入时首页如下：

可以看到其支持直接输入PDB ID，或者上传PDB文件或SDF文件来搜索。
在这里我们输入5T01，点击搜索后的界面如下：

最上面显示当前搜索的蛋白是哪个。左边是在线预览区域，右边我们主要关注DoGSiteScorer，点击DoGSiteScorer
随后出现以下页面：

主要关注Chain区域，支持全部搜索，也支持搜索口袋在蛋白具体哪条链上，这里我们直接点击Calculate（可能要等一会）

随后可以看到它预测了五个口袋，点击眼睛可以以对应的颜色展示在左边预览区。
最后我们点击Download，下载下来一个文件夹，解压后如下：

最主要关注里面的两个文件夹，pockets里面是预测的五个口袋的ccp4格式文件的压缩包，可以用UCSF Chimera（也就是常说的奇美拉，主要用于分子接口模拟）软件打开。
而residues文件夹里则是五个口袋的pdb格式文件，主要用来看它的氨基酸序列。

DeepSite预测蛋白口袋

DeepSite网站：https://open.playmolecule.org/tools/deepsite
这个网站需要谷歌邮箱登陆，可能需要外网环境。
现在新版的网站支持传输自己的预测蛋白口袋的算法模型了，想要的话可以在Deepsite model那选择CLEAR，就能把网站自己提供的算法模型取消掉，然后上传自己的。
可以看到也是支持上传PDB格式文件或者直接输入PDB ID。
建议选择前者，输入PDB ID的方式可能会显示Invalid Input（因为这个网站服务有时候有点问题，没办法通过你的PDB ID拉取蛋白结构）

点击SUBMIT后可以看到预测任务正在进行中。当前任务队列的状态（Queue Status）是比较繁忙的。

SwissModel预测蛋白口袋

还不是很会用，Sorryyy，放个图占位