利用liftOver基因组坐标版本转换

1. 确定人类基因组坐标版本

确定自己原始数据是什么版本，例如GRCh37/hg19、GRCh38/hg38等。

dbSNP数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/）：可以通过位点的SNP_ID，查询其所在的GRCh37或38坐标位置。

在转换的最后，可以用此方法检查坐标是否转换成功。

例如我的原始数据（PLINK格式的orgin.bed/bim/fam和ped/map）是GRCh38，我想转换成GRCh37。

#可以在质控后，也可以在质控前进行liftOver转换。

2. 转文本格式的.bed文件

liftOver转换只接受BED文本格式文件，通常用于表示基因组区间。

我手头的原始文件是 PLINK 的二进制 .bed 文件，而不是文本格式的 BED 文件。因此需要先转换格式。

BED格式文件只定义前三列，无表头 。

注：end不等于start（如果是单位点的话，建议所有end = start+1）
1. chrom：染色体名称（如 chr1、chr2）。
2. start：区间起始位置（0-based）。
3. end：区间结束位置（1-based）

#在终端输入：
cd <文件所在路径>
awk '{print "chr"$1, $4-1, $4, $2}' origin.bim > origin_lift.bed

# .bed 文件中的坐标是 0-based，而 .bim 文件是 1-based。

# 因此从1-based的坐标系向0-based坐标系转换：start=start-1，end=end

3. liftOver软件和chain文件下载：