从单端测序数据clean data出发进行PICRUST宏基因功能预测极速教程

#zj@zlab.ac.cn
#2020-07
#单端测序结果产出Greengenes结果
#合并所有fna文件

cat *.fna > seq.fna

#conda安装独立安装qiime1和picrust1

conda create -n picrust1 -c bioconda -c conda-forge picrust
conda activate picrust1
conda create -n qiime1 python=2.7
conda install qiime

#qiime1环境

conda activate qiime1

#将GG138数据库移动到公共数据库db文件夹
#基于fna文件生成GG数据

echo "pick_otus:enable_rev_strand_match True"  >> $PWD/otu_picking_params_97.txt
echo "pick_otus:similarity 0.97" >> $PWD/otu_picking_params_97.txt
pick_closed_reference_otus.py -i $P