最新Picrust2功能预测详细流程

#Picrust2功能预测流程
#zj@zlab.ac.cn
#2020年8月
#完整输出COG,EC,KO,PFAM,TIGRFAM结果

picrust2_pipeline.py -s OTUs.fasta  -i Otu_table_even.biom -o \
picrust2_out_pipeline -p 12 -r default_files/prokaryotic/pro_ref/pro_ref \
--in_traits COG,EC,KO,PFAM,TIGRFAM

#用默认输出EC,KO

picrust2_pipeline.py -s OTUs.fasta \
    -i otu_table_even2.biom \
    -o picrust2_out_pipeline \
    -p 12

#对输出结果添加必要描述
#EC

add_descriptions.py -i EC_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv \
-m EC  -o EC_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv

#KO

add_descriptions.py -i KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv \
-m KO  -o KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv            

#COG

add_d