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原创一篇SCIENCE文章的相关分析基于最新ggcor绘制方法与示例数据

顶楼膜拜houyunhuang大佬，基于ggcor最新包#zlab#zhoujian-2020#linux转biom到TXT#biom convert -i otu_table.biom -o otu.txt --to-tsv#准备好环境因子表格#devtools安装ggcor,建议通过原生R安装，R-studio安装会报错。if(!require(devtools)) install.packages("devtools")if(!require(ggcor)) devtool.

2020-07-15 12:47:27 6428 4

原创 fastq转fasta代码-基于perl

#! /usr/bin/perluse strict;use warnings;use List::Util qw(sum min max);use Getopt::Long;use File::Basename;# Parameter variablesmy $file;my $helpAsked;my $outFile = "";GetOptions( "i=s" => \$file, "h|help" => \$helpAsked, "o|out

2020-10-12 08:24:40 536

原创 16s扩增子分析基于qiime1的标准流程-powered by zlab

###—qiime-zlab------#[email protected]#版权所有，仅供学习参考#中国科学院Generate BIOM table summary commandbiom summarize-table -i otus/otu_table_mc2_w_tax_no_pynast_failures.biom -o cdout//biom_table_summary.txt Filter low sequence count samples from table (minimum se

2020-10-10 14:43:22 839

原创基于Docker进行qiime2扩增子分析流程

get datawget -O "sample-metadata.tsv" \ "https://data.qiime2.org/2020.2/tutorials/atacama-soils/sample_metadata.tsv"mkdir emp-paired-end-sequenceswget -O "emp-paired-end-sequences/forward.fastq.gz" \ "https://data.qiime2.org/2020.2/tutorials/ata

2020-09-19 03:28:02 1178

原创基于shell和qiime2一键分析扩增子多样性

#!/bin/bashusage(){ echo "帮助信息: -i [abs_input_file_path.txt |原始数据所在的绝对路径（必须）] -o [abs_output_dir |输出文件的绝对路径（必须）] -m [abs_sample_metadata.tsv |metadata的文件绝对路径(必须)] -n [threads |允许使用的线程数默认defalut: 4] -d [dada2/deblur | 使用的数据降噪方法，可选dada2或d

2020-08-31 10:02:08 674

原创基于qiime1进行HUMAnN2分析通路（亲测可行）

HUMAnN2是由Huttenhower组发布的，基于全基因组测序数据用于计算基因丰度的软件。该工具也可以用于PICRUSt数据将KEGG genes重建为KEGG pathways。在我们处理我们的16S数据之前，我们首先需要安装HUMAnN2和HUMAnN（之前的版本）。Step1:通过pip安装HUMAnN2conda activate qiime1#我的qiime1环境pip install humann2Step2:下载HUMAnA的安装包并解压。你只需要从文件中获取一个文件：huma

2020-08-30 16:37:26 559

原创 Picrust2安装与测试2019.10版本

#软件官方仓库https://github.com/picrust/picrust2/wikihttps://github.com/picrust/picrust2/wiki/PICRUSt2-Tutorial-(v2.3.b-beta)PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States)是一款基于标记基因序列来预测功能丰度的软件。工具原理先根据已测微生物基因组的16

2020-08-30 16:32:27 1722

原创最新Picrust2功能预测详细流程

#Picrust2功能预测流程#[email protected]#2020年8月#完整输出COG,EC,KO,PFAM,TIGRFAM结果picrust2_pipeline.py -s OTUs.fasta -i Otu_table_even.biom -o \picrust2_out_pipeline -p 12 -r default_files/prokaryotic/pro_ref/pro_ref \--in_traits COG,EC,KO,PFAM,TIGRFAM#用默认输出EC,KO

2020-08-30 16:25:59 4073

原创 conda 恢复默认源

#直接在终端输入conda config --remove-key channels#注意，这里是清除了全部的自行添加的源

2020-08-30 16:21:54 8199 2

原创快速安装miniconda3并配置国内源

#软件管理器miniconda3wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shbash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh安装时许可协议可打yes，默认目录为~/miniconda3，默认不运行conda直接回车conda init #c初始化conda命令conda -V # 查看版本号 4.6.14python

2020-08-30 16:10:01 5054

原创从单端测序数据clean data出发进行PICRUST宏基因功能预测极速教程

#[email protected]#2020-07#单端测序结果产出Greengenes结果#合并所有fna文件cat *.fna > seq.fna#conda安装独立安装qiime1和picrust1conda create -n picrust1 -c bioconda -c conda-forge picrustconda activate picrust1conda create -n qiime1 python=2.7conda install qiime#qiime1环

2020-08-30 16:03:28 456

原创 ubuntu20.04LTS网络连接问题及网络图标不见了解决方法

#停止网络服务管理sudo service network-manager stop#删除原有配置sudo rm /var/lib/NetworkManager/NetworkManager.state#重启网络服务sudo service network-manager start#编辑管理策略sudo gedit /etc/NetworkManager/NetworkManager.conf（把false改成true）#重启网络服务sudo service network-m

2020-08-13 14:51:01 10601 8

原创 miniconda3安装及换国内源

下载并安装miniconda3wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shbash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh安装时许可协议可打yes，默认目录为~/miniconda3，默认不运行conda直接回车conda init #c初始化conda命令conda -V # 查看版本号 4.6.14python -

2020-08-13 14:47:39 8451

原创 Ubuntu20.04 LTS更换清华源

安装好ubuntu20.04LTS系统后，默认的软件更新源是国外的，需要更换成国内的源，这样才能高速安装和更新软件。首先你需要备份原始源文件sources.listsudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak然后修改源文件sources.list#首先赋编辑权限sudo chmod 777 /etc/apt/sources.list#打开文件sudo gedit /etc/apt/sources.list 删除原来的文件内

2020-08-04 14:44:12 2454

原创 ubuntu20.04 LTS系统默认源source.list文件

如果不慎修改了source.list内容，导致一系列错误，建议恢复默认源文件。sudo gedit /etc/apt/sources.list然后把下面默认源内容复制进去ubuntu20.LTS系统默认源source.list文件内容#deb cdrom:[Ubuntu 20.04 LTS _Focal Fossa_ - Release amd64 (20200423)]/ focal main restricted# See http://help.ubuntu.com/community/

2020-08-04 14:21:40 14391

原创 HUMAnN数据库国内备份下载源（转自刘永鑫博士github）

百度云链接R语言常用包合集Windows 10版4.0.x：链接：https://pan.baidu.com/s/1JFwLP2SonK1howD5MNgNYg 提取码：l08kWindows 10版3.6.x：链接：https://pan.baidu.com/s/1h-qR2lmlaMgR4M7VbgtAFg 提取码：s5fi下载后解压至当前目录，可获得3.6/4.0目录，剪切并替换文档 - R - win-library - 3.6/4.0 目录即可扩增子数据库宏基因组数据库HUM.

2020-07-09 13:49:22 1992 4

原创利用perl一键生成符合LEFse差异分析的Table表

利用perl一键生成符合在线LEFse差异分析的Table表LEfSe分析的在线+本地运行的详细教程参考刘尧博客基于Picrust2进行宏基因预测后，我们往往需要对数据进行可视化话，其中LEFse就是非常不错的选择,这里通过perl实现对表的格式化。LEFse --Galaxy平台：http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxyuse strict;use warnings;my $mapFile=$ARGV[0];my $tableFile=$ARG

2020-07-08 15:58:03 906

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