测序质量值的意义

最新推荐文章于 2024-01-02 13:55:46 发布
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续上一篇，FASTQ格式的每第四行表示这条序列的质量值。用ACSII码表示。


测序仪一般是按照荧光信号来判断所测序的碱基是哪一种的，例如红黄蓝绿分别对应ATCG，因此对每个结果的判断都是一个概率的问题。

Phred Quality Score Probability of incorrect base call Base call accuracy
10 1 in 10 90 %
20 1 in 100 99 %
30 1 in 1000 99.9 %
40 1 in 10000 99.99 %
50 1 in 100000 99.999 %

最初Sanger中心用Phred Quality Score来衡量该read

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GodSunshine
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《全基因组测序WGS数据分析——3.数据质控》学习笔记
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基因测序3——三、四代测序技术来势汹汹，国产化仍在布局二代测序？
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基因测序3——三、四代测序技术来势汹汹，国产化仍在布局二代测序？ 和义广业创新平台 为医械创新创业者提供一站式产业转化服务 取消关注 1 人赞同了该文章 导读 【行业分析】基因测序系列，将聚焦基因测序设备，系统分析一代、二代、三代基因测序设备的技术原理，代表厂家，仪器特点以及未来趋势。本篇介绍三、四代测序技术及对应设备特点，市场情况。同时分析国内对基因测序设备的探索现状及技术趋势。 二代测序方兴未艾，三代、四代测序已然来势汹汹。全球的科研、产业乃至资本力量都将目光投向了基因测序技术。 2
CTF杂项知识点
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CTF-杂项 文件操作与隐写 1.File命令 当文件没有后缀名或者有后缀名而无法正常打开时，根据识别出的文件类型来修改后缀名即可正常打开文件 使用场景：不知道后缀名，无法打开文件 root@kali:~# file ctf ctf: PNG image data, 731 x 672 //png文件 2.winhex 通过winhex程序中可以查看文件头类型，根据文件头类型判断出文件类型 使用场景：windows下通过文件头信息判断文件类型 3.文件头缺失/错误 通常文件无法正常打开有两种情况，一种
ASCII码表文字版（模板）
STOP
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Node.js，简称Node，是一个开源且跨平台的JavaScript运行时环境，它允许在浏览器外运行JavaScript代码。Node.js于2009年由Ryan Dahl创立，旨在创建高性能的Web服务器和网络应用程序。它基于Google Chrome的V8 JavaScript引擎，可以在Windows、Linux、Unix、Mac OS X等操作系统上运行。 Node.js的特点之一是事件驱动和非阻塞I/O模型，这使得它非常适合处理大量并发连接，从而在构建实时应用程序如在线游戏、聊天应用以及实时通讯服务时表现卓越。此外，Node.js使用了模块化的架构，通过npm（Node package manager，Node包管理器）,社区成员可以共享和复用代码，极大地促进了Node.js生态系统的发展和扩张。 Node.js不仅用于服务器端开发。随着技术的发展，它也被用于构建工具链、开发桌面应用程序、物联网设备等。Node.js能够处理文件系统、操作数据库、处理网络请求等，因此，开发者可以用JavaScript编写全栈应用程序，这一点大大提高了开发效率和便捷性。 在实践中，许多大型企业和组织已经采用Node.js作为其Web应用程序的开发平台，如Netflix、PayPal和Walmart等。它们利用Node.js提高了应用性能，简化了开发流程，并且能更快地响应市场需求。
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Phred质量值替换是指用新的质量值取代已存在的Phred质量值。Phred质量值是衡量DNA序列质量的一种常用方式，它用于评估测序过程中每个碱基的可靠性。通常，Phred质量值越高，表示碱基读取的准确性越高。 在进行DNA测序时，可能会出现一些因技术或实验原因导致的测序错误，这些错误可能会影响到Phred质量值的准确性。为了纠正这些错误并提高测序数据的质量，我们可以进行质量值替换。 质量值替换的具体步骤如下： 1. 首先，我们需要检查测序数据中每个碱基的Phred质量值。 2. 如果存在质量值较低的碱基，我们可以通过测序实验的重复测量或者其他验证手段来确定其真实质量。 3. 接下来，我们可以使用已确定的真实质量值，将原始的Phred质量值进行替换。 4. 替换后的质量值可以根据实际情况进行相应调整，以确保测序数据的准确性和可靠性。 5. 最后，我们可以基于替换后的质量值，进行后续的序列分析和解读。 Phred质量值替换可以帮助纠正测序过程中的错误，提高测序数据的质量，从而更好地支持基因组学、遗传学和生物信息学等领域的研究。它在解析复杂基因组、寻找基因突变和进行遗传变异分析等方面都具有重要的应用价值。

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