基因测序3——三、四代测序技术来势汹汹，国产化仍在布局二代测序？

基因测序3——三、四代测序技术来势汹汹，国产化仍在布局二代测序？

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导读

【行业分析】基因测序系列，将聚焦基因测序设备，系统分析一代、二代、三代基因测序设备的技术原理，代表厂家，仪器特点以及未来趋势。本篇介绍三、四代测序技术及对应设备特点，市场情况。同时分析国内对基因测序设备的探索现状及技术趋势。

二代测序方兴未艾，三代、四代测序已然来势汹汹。全球的科研、产业乃至资本力量都将目光投向了基因测序技术。

2014年，罗氏收购了纳米孔测序公司Genia Technologies， 2020年，罗氏宣布收购初创测序技术公司Stratos Genomics，以推进罗氏纳米孔测序仪的开发。罗氏在测序领域的探索和布局仍在继续。

而Illumina公司同样也不惜重金为其第四代基因测序技术进行布局。2018年11月，Illumina曾宣布计划以12亿美元的现金收购Pacific Biosciences，当时引起业内诸多关注，但因英国竞争和市场管理局（CMA）的介入，多方博弈之后，2020年1月2日宣布终止合并。

单分子测序

另一类非Sanger原理的DNA测序技术在2008年成为现实，这类基于单个分子信号检测的DNA测序被称为单分子测序 (single molecule sequencing, SMS)，或第三代测序 (third generation sequencing, TGS)。尽管从现在的进展来看，SMS还未能完全实现预期目标，但已经做出了许多重要的努力。这些新技术包括Helicos的tSMS，PacBio的SMRT等等。

tSMS（ture single molecule sequencing）

1、tSMS原理介绍

Helicos Bioscience (MA, USA) 于2008年推出的HeliScope单分子测序平台被认为是第一个商品化的第三代测序仪。其测序原理tSMS是由斯坦福大学的S. R. Quake等科学家提出的。tSMS是一种利用光学信号进行DNA碱基识别的边合成边测序 (sequencing by synthesis, SBS) 技术，HeliScope的文库制备相对简单，首先将待测DNA随机打断成约200bp大小的片段，然后在3’末端加上50bp带有荧光标记的poly(A) tail。无需进行PCR扩增文库退火形成单链，与芯片上固定的Oligo dT探针结合，利用poly(A)上的荧光标记进行精确定位。接下来依次加入4种Cy5荧光染料标记的单核苷酸，在DNA聚合酶的作用下与模板互补配对并延伸一个碱基，ICCD相机采集荧光信号。最后通过化学剪切去除荧光基团并清洗，进行下一轮反应。原理如图所示。

tSMS原理

tSMS技术能够实现单分子测序，主要依赖于高分辨率的ICCD相机，能够对单个分子产生的荧光信号进行识别。但是较弱的信号强度导致测序的读长较短，错误率偏高，