8+单细胞生信发文思路：探讨肿瘤微环境的异质性和趋同性

今天给同学们分享一篇单细胞的生信文章“Single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity and convergence of the tumor microenvironment in colorectal cancer”，这篇文章于2023年1月4日发表在Front Immunol期刊上，影响因子为8.786。

结直肠癌（CRC）约占人类所有恶性肿瘤的 10%，是全球第三大常见癌症，其死亡率（9.4%）在恶性肿瘤中排名第二，仅次于肺癌。截至 2020 年，全球有超过 93.5 万人死于 CRC 或其并发症。传统的手术结合放化疗的模式并没有达到理想的治愈效果。在此背景下，免疫疗法应运而生，并迅速成为包括 CRC 在内的多种肿瘤的主要治疗模式，并在少数患者中实现了长期、持续的缓解，但大多数患者在暂时的免疫反应后并没有实现肿瘤的长期控制。

本研究选取了 10 例未经治疗的 CRC 患者的肿瘤、副肿瘤和血液样本。根据 SingleR 软件包和 CellMarker 数据库的注释，作者最终确定了 8 种主要细胞类型，包括 CD4+ T 细胞、CD8+ T 细胞、B 细胞、髓样细胞、先天性淋巴细胞（ILCs）、成纤维细胞、内皮细胞和上皮细胞（图 1A）。提取每种细胞类型并进一步分组注释，最终确定了 25 种细胞亚型（图 1B）。根据主要细胞类型的差异确定的前五个标记物以气泡图的形式显示出来（图 1E）。有趣的是，当作者追踪组织起源时，发现免疫细胞，尤其是 Tex、TAMs、树突状细胞（DCs）和成纤维细胞在肿瘤组织中高度富集（图 1C）。为了研究 TME 中的相互作用网络，作者使用 CellChat 计算了潜在的配体-受体对。为使相互作用可视化，作者进行了网络可视化（图 1D）。值得注意的是，Tex、巨噬细胞、TAMs 和 DCs 与其他细胞系的细胞之间的相互作用对数最多，揭示了它们在 TME 中的主导作用。

图1 来自 CRC 患者肿瘤、邻近肿瘤组织和外周血的单细胞概况

1. CD8+ T cells

CD8+ T细胞被分为九个亚群，并被注释为四种细胞类型：幼稚CD8+ T细胞、效应记忆CD8+ T细胞（Tem）、效应CD8+ T细胞（Teff）和Tex（图2A）。为了明确每种细胞类型的功能，作者提取了标记基因，并将其载入 Metascape （图 2B, C ）。伪时间轨迹显示，CD8+ T 细胞变得衰竭（图 2D），抑制受体（IRS）的表达以阶梯方式增加。作者通过单细胞调控网络推断和聚类（SCENIC）分析对 CD8+ T 细胞周围的所有转录因子进行了聚类，并利用聚类算法将其分为九个模块（图 3E ）。值得注意的是，模块 1 转录因子包括核受体 ROR-gamma (RORC)、核受体亚家族 1 D 组成员 1 (NR1D1)、过氧化物酶体增殖激活受体 gamma (PPARG) 和甾醇调节元件结合蛋白 2 (SREBF2) 在 Tex 中被显著激活（图 3F）。

图2 CD8+ T 细胞倾向于在肿瘤微环境中衰竭

图3 CD8+ T 细胞的相互作用网络和转录调控网络

2. CD8+ T 细胞衰竭时效应器功能的丧失

Tex 效应器功能的丧失可分为三大类：（1）细胞表面 IRS 的上