双热点机制结合。5+铜死亡+铁死亡相关基因生信思路

今天给同学们分享一篇结合铜死亡和铁死亡相关基因预测肿瘤预后、免疫和药敏的生信文章“A novel signature of combing cuproptosis- with ferroptosis-related genes for prediction of prognosis, immunologic therapy responses and drug sensitivity in hepatocellular carcinoma”，这篇文章于2022年9月27日发表在Front Oncol期刊上，影响因子为5.738。作者的研究旨在构建一个结合铜死亡相关基因和铁死亡相关基因的新特征(CRF)，用于预测肝细胞癌(HCC)患者的预后、免疫治疗反应和药物敏感性。

图1 总体研究设计流程图

1.结合铜死亡和铁死亡相关基因特征的构建

共发现122个FAG与12个CRG密切相关（图2A）。此外，作者在这134个基因中筛选了40个差异表达基因（图2B）。此外，作者通过单因素Cox回归分析从这40个基因中获得了26个候选基因（图2C、D）。此外，这些候选基因被输入到LASSO算法中，并选择了7个基因（G6PD、NRAS、RRM2、SQSTM1、SRXN1、TXNRD1和ZFP69B）用于构建CRF（图2E、F）。它提到根据来自ICGC、GSE76427、GSE144269和CCLE数据库的数据，构成CRF的七个基因在HCC组织中高度表达（图2G-J）。

图2 在TCGA中构建预后特征(CRF)

根据TCGA队列中HCC患者的风险评分，并根据中位风险评分将HCC患者分为高风险组和低风险组。作者发现，风险评分较高的患者显示出较短的OS和较高的死亡率（图3A）。PCA和t-NSE表明低风险和高风险组中的HCC患者明显聚集（图3B、C）。如图3D、E所示，CRF是HCC患者OS的有前途的预测指标。此外