数据挖掘：是时候更新一下TCGA的数据了

TCGA在去年更新之后提供了Count、TPM、FPKM三种格式的mRNA表达量数据，同时提供了ensembl gene ID、基因名、基因类型，因此有必要更新一下数据了。

 

 

安装需要的R包

install.packages("tidyverse")

install.packages("arrow")

install.packages("data.table")

install.packages("magrittr")

install.packages("pacman")

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {

  install.packages("BiocManager")

}

BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinksGUI.data")

BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")

 

TCGA数据版本信息

rm(list = ls())

library(pacman)

p_load(magrittr, tidyverse, TCGAbiolinks, data.table, arrow)

TCGAbiolinks::g