单细胞测序 | marker基因列表怎么找？

最新推荐文章于 2025-02-26 11:09:23 发布
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[大笑R][满月R][微笑R]需要找我们 专研生信

单细胞转录组数据中比较核心且难以解决的事情是细胞注释，而细胞注释（Marker-based annotation）的质量又很大一部分取决于marker的数量和质量，我们常常苦于从何处寻找以及如何使用这些marker，上篇文章里提到的自动化注释工具ScType是将CellMarker和PanglaoDB数据库进行整合过滤后作为参考，对于我们来说难点在于如何实现其整合思想（关键在于各数据库中对细胞类型的命名缺乏统一和规范），以及如何支持更多的物种。所以，此时如果有个更全面且规范的数据库...

2022年，北京基因组所（国家生物信息中心）发布细胞分类库Cell Taxonomy：

Cell Taxonomy (https://ngdc.cncb.ac.cn/celltaxonomy), a comprehensive and curated repository of cell types and associated cell markers encompassing a wide range of species, tissues and conditions.

Cell Taxonomy 数据源于4,299篇文献、15个相关数据库（Cell Ontology、CellMarker、PanglaoDB、OnClass、Human Cell Atlas...）和单细胞测序数据研究（约350万个细胞）的整合，目前共收录3,143种细胞类型及26,613个细胞标志物（cell marker），覆盖34个物种的387种组织和257种生理/病理状态。

[大笑R]图一

最低0.47元/天 解锁文章
专栏一：单细胞分群后marker基因的表达量展示
m0_58549466的博客
03-07 1191
总结：AverageExpression()可以直接用于已经经过数据处理（log化）后的data，并且得到基因在某个cluster中的平均表达水平。
单细胞测序的marker基因
Seraph09的博客
07-23 3831
参考内容 single cell marker 基因数据库 https://www.jianshu.com/p/9d7789cc6d97 CellMarker：用来做细胞标记，很nice https://zhuanlan.zhihu.com/p/300613622 数据库： cellMarker http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/search.jsp?species=Human&tissue=Blood&cellname=B%20
Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具
悟道西方
10-24 981
我们在进行单细胞测序的时候，通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型（于是一大堆不认识的），除了免疫细胞可能容易分析出来，其他的细胞我是两眼一抹黑。虽然具有single cell marker基因库，但在判断细胞亚型的时候有时并不是那么solid，有一些原则上比较特异的gene不知道为什么在cell marker上出现在不同的细胞上，比如S100A8,S100A9，在cell marker基因库中多为中性粒细胞的marker，但结合生理学意义，其实在单细胞中由于中性粒细胞本身含量较少且较为脆弱等原因导致
干货分享 | 如何使用单细胞标记的marker基因数据库Cell Marker2.0?
最新发布
Igenebook的博客
02-26 992
本文主要介绍了单细胞标记的marker基因数据库 Cell Marker2.0，包括其优势、使用方法、在线分析工具及数据下载功能等具体使用指南，希望可以为您的单细胞研究提供有力支持。
答读者问(1)：非模式物种找marker；如何根据marker定义细胞类型
TOP生物信息
07-22 933
下午花了两个小时回答读者的疑问，觉得可以记录下来，也许能帮到一部分人。 第一位读者做的是非模式物种的单细胞。 一开始以为是想问我非模式物种的marker基因在哪儿找，读者朋友也提到了blast 研究的主要细胞类型的marker是有的 让读者朋友困惑的是一张表，cluster乘样本的表，每一个值表示表达这个marker基因的细胞数目。这个表其实没有多少信息，且容易给人误导。应该直接从小提琴图看。 解答完了这个问题，另一个问题还是回到“非模式物种如何找marker”。找同源基因是一个思路，.
单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因
热门推荐
qq_45478665的博客
07-13 2万+
系列文章目录 单细胞测序流程（一）简介与数据下载 单细胞测序流程（二）数据整理 单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图 单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA 本期主讲内容——t-sne聚类分析和寻找marker基因 介绍：T-SNE是一种用于探索高维数据的非线性降维算法。它将多维数据映射到适合于人类观察的两个或多个维度。 一、课前准备 之前所使用的数据 R语言的IDE 二、过程 聚类分析的目的是根据细胞的差别所进行细胞分群，两个..
单细胞基础分析 | 对细胞按照基因marker进行分型（ACC脑区）
weixin_40640700的博客
03-12 1万+
因项目的需求，需要对数据进行简单的分类，然后找差异表达基因。 虽然我自知自己在这个过程中的很多方面并不理解透彻，很糊涂的去做。但是我愿意去尝试完成。 现在开始跟着Seurat上面的教程一点点的来做。 参考链接：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html 1、加载分析必须的包 library(Seurat) library(dplyr) library(patchwork) 2、加载10XGenomics 数据 data<-.
单细胞分群后，怎么找到Marker基因定义每一类群？
悟道西方
02-18 414
同时支持直接搜索组织、细胞系类型或癌症相关的Marker，或搜索一个基因是否为特定的Marker基因。搜索结果以散点图形式展示，点的大小表示横纵轴联合标记的细胞类型的Marker基因的多少。点越小，搜索的基因作为Marker的属性越特异。Marker gene可以很方便的通过左侧层级树浏览查看, 支持该基因为Marker的文献越多，词云图中的字体就越大。如果您也想做类似的数据库，欢迎与我们联系，已成功在NAR发表两篇数据库文章。可以查看更详细的名字、数据库外链、来源的文献或其他支持信息等。
单细胞各类细胞常用marker基因
qq_36608036的博客
05-10 6948
单细胞各类细胞常用marker
小白如何挑选单细胞标记的marker基因？
Igenebook的博客
01-20 973
特别值得一提的是，它支持双向搜索功能，用户既可以从细胞类型出发查询对应的marker基因，也能够输入marker基因来查找相关的细胞类型，极大地提升了研究效率，为植物单细胞研究人员提供了一个全面、高效且便捷的数据资源平台，有力地推动了植物单细胞研究的发展进程。这些数据库各自具有独特优势，共同为单细胞研究提供了全面、丰富的数据资源和强大的分析工具，推动着单细胞研究在医学和农学等领域不断深入发展，帮助科研人员更高效地探究细胞的奥秘，为相关疾病的治疗、药物研发以及植物品种改良等方面奠定坚实基础。
单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）
TOP生物信息
01-08 1万+
今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图：tsne/umap图、热图、堆叠小提琴图、气泡图，每个图我都会用两种方法绘制。 使用的数据来自文献：Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Researc
单细胞测序python输出marker基因
01-17
### 使用Python处理单细胞测序数据以提取和输出Marker基因 为了实现这一目标，可以利用`scanpy`库来完成单细胞转录组数据分析中的多个步骤。下面展示的是如何通过该库读取AnnData对象、预处理数据以及识别并保存...
单细胞测序流程（八）单细胞的marker基因转化和​GO富集分析
qq_45478665的博客
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系列文章目录 单细胞测序流程（一）简介与数据下载 单细胞测序流程（二）数据整理 单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图 单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA 单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因 单细胞测序流程（六）单细胞的细胞类型的注释 单细胞测序流程（七）单细胞的细胞类型轨迹分析———————————————— 本期主讲内容——单细胞的maeker基因转化和​富集分析 marker基因转化是为了将基因的id和基.
single cell marker 基因数据库
watermel__的博客
06-22 1254
Mouse Cell Atlas：https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Fbis.zju.edu.cn%2FMCA%2F CellMarker:https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Fbio-bigdata.hrbmu.edu.cn%2FCellMarker%2F BD||cd_marker_handbook:https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.
Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（二）（寻找marker及注释细胞）
m0_72224305的博客
10-28 1881
昨天又是不睡觉的一天，晚上还被家属讲了一通，理由是我去急诊了，没有在办公室待着，他老公疼没人去看。🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！好的，说完家属就暴雷了，“这么大的医院就安排一个大夫值班吗！🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！这个文件你也可以进一步的加工一下，根据你的生物学背景等。🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~然后我们进行一下手动注释，其实手动注释是最准的。
单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4种图形（二）
TOP生物信息
03-02 1万+
在上一篇中，我已经讲解了展示marker基因的前两种图形，分别是tsne/umap图、热图，感兴趣的读者可以回顾一下。这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图。 3. 堆叠小提琴图展示marker基因 相比于其他可视化形式，小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况。我的marker基因一共选了12个，下面来画图： Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画， library(xlsx) markerdf2=read.xlsx("ref_marker2.xlsx".
CellMarker 基因搜索结果批量下载
tuntun16的博客
11-13 869
CellMarker是单细胞测序细胞群注释时常用的数据库；本文提供一个批量下载该搜索结果（excel）的方法。
（三）单细胞数据分析——细胞亚群的表型特征刻画
m0_47675572的博客
05-17 2783
细胞亚群注释，功能相关的分析，以刻画细胞亚群的部分特征
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