单细胞测序数据的降维方法及细胞亚型鉴定聚类方法总结

最新推荐文章于 2024-08-10 07:26:36 发布
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分类专栏： 单细胞测序 生物学 医学 文章标签： 生物信息学 单细胞测序 数据降维 数据聚类 scRNA-seq
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本文总结了单细胞测序数据的降维方法，包括PCA、t-SNE、UMAP等，以及特征选择策略。同时，介绍了细胞亚型鉴定的聚类方法，如监督和非监督方法，探讨了各类方法的优缺点。对于数据处理和分析，建议选择最新发表且高质量的软件。
摘要由CSDN通过智能技术生成

图1、细胞亚型的鉴定及分析（Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015）


随着单细胞测序技术的发展，每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中，少则产生几百，多则产生几十万的细胞数量，甚至更多。其中，细胞亚型（cell subtype or cell subpopulations）的鉴定是单细胞测序技术一个非常重要的基础应用。但由于单细胞测序数据通常涉及到很多细胞，而每个细胞中的基因数量又可能是几万个，所以，单细胞测序数据是一个高维的复杂数据。


图2、基于单细胞测序数据的细胞亚型鉴定方法总结（Andrews and Hemberg, 2018, Mol. Aspects Med.）
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一致流形近似与投影(Uniform Manifold Approximation and Projection, UMAP)
程序员光剑
06-17 1万+
是一种基于流形的非线性降维算法。在数学中，“流形”是一种具有局部欧几里德空间性质的拓扑空间。通俗来说，我们可以把，但是，比如说可以使用欧几里德几何中的概念来描述它的局部特征。流形在数学中具有广泛的应用，尤其是在等领域。例如，流形可以用来描述物理世界中的，比如说。此外，流形还可以用来研究，比如说在机器学习中常用的流形学习方法就是具体来说，流形学习是一种，它的目标是。流形学习方法主要分为两类：基于和基于方法的方法。其中，基于LLE的方法通过。而基于方法的方法则是通过。
单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法
橙之之
08-07 734
需要注意的是，降维方法和聚类方法只是单细胞转录组分析的一部分，还有其他的数据预处理、差异表达基因分析、细胞状态推断等步骤也是重要的。因此，在实际应用中，需要综合考虑多种方法和工具来进行全面的单细胞分析。此外，还有其他一些方法如Louvain算法、PhenoGraph等也可以用于细胞亚型鉴定聚类。这些方法的选择应根据数据的特点和分析的目标来决定。单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法是单细胞转录组分析中常用的技术。
使用机器学习算法实现单细胞测序数据的降维和聚类（二）
今天练习代码了吗的博客
12-01 3021
本篇主要记录一下几种常用的聚类算法 使用的参考代码和数据集还是(一)里面的 1.K-Means 算法思想大致为：先从样本集中随机选取 k个样本作为簇中心，并计算所有样本与这 k个“簇中心”的距离，对于每一个样本，将其划分到与其距离最近的“簇中心”所在的簇中，对于新的簇计算各个簇的新的“簇中心”。 根据以上描述，我们大致可以猜测到实现kmeans算法的主要四点：    （1）簇个数 k 的选择    （2）各个样本点到“簇中心”的距离    （3）根据新划分的簇，更新
UAMP 开源项目教程
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gitblog_00055的博客
08-10 364
UAMP 开源项目教程 uampA sample audio app for Android项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ua/uamp 项目介绍 UAMP（Universal Android Music Player）是一个示例音乐播放器应用，适用于Android平台。该项目由Google开发，旨在展示如何构建一个功能丰富的音乐播放器，支持后台播放、音...
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qq_45478665的博客
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PCA PCA:线性降维，主要用于数据少的时候使用。看结果的时候，看打分的绝对值大小，而不是单独的看数据的大小，PCA 是最常用的降维方法，通过某种线性投影，将高维的数据映射到低维的空间中表示，并期望在所投影的维度上数据的方差最大，以此使用较少的数据维度，同时保留住较多的原数据点的特性。 准备 之前所使用的数据 R的IDE 分析目的 为以后的细胞分群做准备，以及t-sne聚类分析。 结果 散点图，横坐标为打分的值，打分的值的绝对值越大，代表相关性越大，每个pc，选取的是前20个基因，根据系数可以绘制后面的
umap算法_UMAP:比t-SNE更好的降维算法
weixin_34984088的博客
01-17 1163
论文题目：UMAP: Uniform Manifold Approximation and Projection for Dimension Reduction作者：Leland McInnes； John Healy； James Melville时间：December 7, 2018UMAP (Uniform Manifold Approximation and Projection) 算法是...
跟着Cell学作图 | 5.UMAP降维分析
weixin_45822007的博客
04-22 4371
跟着 Cell 学作图 | 5.UMAP降维分析“实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。”2021.4.12_1DOI: 10.1016/j.cell.2020.05....
数据处理降维方法UMAP(Uniform Manifold Approximation and Projection)学习跟练
CRUSH8496052的博客
09-16 8969
UMAP（Uniform Manifold Approximation and Projection）高维数据降维方法介绍跟练。
单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结
AIPuFu的博客
09-17 4362
自从2009年**单细胞转录组测序（single-cell RNA-seq，scRNA-seq）**技术首次问世，至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。在过去的十年里，单细胞转录组测序技术得到了蓬勃的发展，从而使得可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况，可以更精准的开展细胞间的表达异质性研究、鉴定新的细胞亚型、解析早期胚胎的发育等。 单细胞测序流程(图片来源 ：...
5+：基于单细胞测序和转录组数据构建胰腺癌中坏死性凋亡相关的预后模型
yiqishengxin的博客
11-08 826
原文公众号：一起实验网 对下述分析方法感兴趣或者没有研究思路的小伙伴，欢迎踊跃探讨！ 早！今天小编和大家分析一篇2022年10月发表在《Frontiers in Immunology》（IF:5.0）期刊上的文章《A necroptosis related prognostic model of pancreatic cancer based on single cell sequencing analysis and transcriptome analysis》。作者使用单细胞测序分析和转录组分析构建了
Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP)：一种用于流形学习和降维的算法。-matlab开发
05-31
给定一组高维数据，run_umap.m 生成数据的低维表示，用于数据可视化和探索。 有关如何使用此代码的文档和许多示例，请参阅文件 run_umap.m 顶部的注释。 UMAP 算法是 Leland McInnes、John Healy 和 James Melville 的发明。 有关详细描述，请参阅他们的原始论文 ( https://arxiv.org/pdf/1802.03426.pdf )。 另请参阅原始 Python 实现的文档 ( https://umap-learn.readthedocs.io/en/latest/index.html )。 这个 MATLAB 实现遵循与 Python 实现非常相似的结构，许多函数描述几乎相同。 以下是此 MATLAB 实现的一些主要区别： 1) MATLAB 函数 eigs.m 似乎不如 Python 包 Scipy 中的函数“ei
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小学生都能懂的 UMAP（Uniform Manifold Approximation and Projection）说明
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12-01 1207
umap简介UMAP(Uniform Manifold Approximation and Projection for Dimension Reduction，一致的流形逼近和投影以进行降维)。 一致的流形近似和投影(UMAP)是一种降维技术，类似于t-SNE，可用于可视化，但也可用于一般的非线性降维。 该算法基于关于数据的三个假设：数据均匀分布在黎曼流形上(Riemannian manifol...
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05-28 3090
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