单细胞测序数据的降维方法及细胞亚型鉴定聚类方法总结

最新推荐文章于 2025-02-18 14:44:02 发布
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分类专栏： 单细胞测序 生物学 医学 文章标签： 生物信息学 单细胞测序 数据降维 数据聚类 scRNA-seq
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本文总结了单细胞测序数据的降维方法，包括PCA、t-SNE、UMAP等，以及特征选择策略。同时，介绍了细胞亚型鉴定的聚类方法，如监督和非监督方法，探讨了各类方法的优缺点。对于数据处理和分析，建议选择最新发表且高质量的软件。

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图1、细胞亚型的鉴定及分析（Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015）


随着单细胞测序技术的发展，每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中，少则产生几百，多则产生几十万的细胞数量，甚至更多。其中，细胞亚型（cell subtype or cell subpopulations）的鉴定是单细胞测序技术一个非常重要的基础应用。但由于单细胞测序数据通常涉及到很多细胞，而每个细胞中的基因数量又可能是几万个，所以，单细胞测序数据是一个高维的复杂数据。


图2、基于单细胞测序数据的细胞亚型鉴定方法总结（Andrews and Hemberg, 2018, Mol. Aspects Med.）
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它通过建立高维空间中的最近邻图，并使用优化算法将高维数据投影到低维空间，同时尽量保留数据的局部拓扑结构。图中可以观察到，UMAP 有效地将高维空间的类群划分映射到二维空间，显示了良好的类间分离。降维结果显示，UMAP 成功地将瑞士卷从三维展开到二维，同时保持了样本的连续性。：UMAP 能够以低维形式展现高维分类数据的类别分布，为聚类和分类任务提供支持。UMAP 是一个高效、灵活的降维工具，可广泛应用于图像、文本和基因组数据分析中。：UMAP 在复杂流形结构数据的降维中展示了优异性能，保持了样本邻近关系。
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需要注意的是，降维方法和聚类方法只是单细胞转录组分析的一部分，还有其他的数据预处理、差异表达基因分析、细胞状态推断等步骤也是重要的。因此，在实际应用中，需要综合考虑多种方法和工具来进行全面的单细胞分析。此外，还有其他一些方法如Louvain算法、PhenoGraph等也可以用于细胞亚型鉴定聚类。这些方法的选择应根据数据的特点和分析的目标来决定。单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法是单细胞转录组分析中常用的技术。
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