文献里的分子对接方法2

珍珠贝肉水解物中的新型抗氧化肽以及它们的抗氧化活性机制。

 关于摘要：

自由基和衰老以及很多疾病都有关联。

抗氧化肽具有良好的抗氧化活性和吸收性，是抗氧化剂研究的热点之一。

这篇文献的研究中，纯化珍珠贝肉水解液、经过蛋白质组学鉴定，生物信息学分析，6种新的抗氧化肽：SPSSS, SGTAV, TGVAS, GGSIT, NSVAA, 和 GGSLT被筛选。

实验数据：

“细胞抗氧化活性（CAA）”
molecule        EC50（mg/mL）
GSH             0.030
SGTAV           0.009
SPSSS           0.027

实验说明SPSSS和SGTAV多肽的CAA显著好于作为标准对照的GSH。

"谷胱甘肽（glutathione，GSH）"
是由谷氨酸、半胱氨酸和甘氨酸结合，含有巯基的三肽，具有抗氧化作用和整合解毒作用。

该研究使用分子对接技术，通过让多肽和氧化自由基（DPPH、ABTs）、抗氧化酶（CAT和SOD）、抗氧化通道蛋白（Keap1）对接，分析多肽的抗氧化活性。

方法和结果：

在胃蛋白酶（pH=1.3和＞2.0）和胰蛋白酶的条件下，在ExPASy peptide cutter网页里模拟酶切割肽段。在ToxinPred数据库里预测抗氧化肽的毒性。在Pepdraw网页里预测抗氧化肽的疏水性。

筛选出抗消化酶、无毒性、高疏水性的肽序列。

分子量＜3kDa显示出有更强的自由基清除活性，而低分子量的多肽通常有较强的抗氧化活性。

和其他肽相比，含有疏水氨基酸（hydrophobic amino acids）的多肽有较强的抗氧化活性。

疏水氨基酸：
Pro、Gly、Ala、Val、ILe、Leu

 多肽和参考的GSH的EC50数据和CAA值：

 研究抗氧化肽的细胞抗氧化活性指标有细胞保护作用（Cytoprotective Effect）和细胞活力影响（Effect of Cell Viability）。

抗氧化肽对细胞保护作用的影响：

AAPH能有效的降低细胞的活力。利用AAPH诱导细胞损伤建立了俩个细胞损伤模型（损伤50%&80%）。0.2mg/L的浓度下，6个活性肽对细胞模型的存活率都显著提高，明显高于对照组GSH。

抗氧化肽对抗氧化酶CAT和SOD的影响：

抗氧化酶可以减少体内ROS的积累，保护细胞免受氧化应激损伤。AAPH的损伤可以导致细胞内抗氧化酶的含量减少。

在损伤50%&损伤80%的模型中，6个活性肽都让细胞内抗氧化酶的活性得到一定的增加，其中SPSSS可以让过氧化氢酶（CAT）活性恢复到正常细胞水平。多肽SPSSS、SGTAV和NSVAA能让APHH诱导的细胞损伤模型中SOD活性完全恢复。

抗氧化肽的分子对接模拟：

该研究探索了抗氧化剂和自由基（DPPH、ABTs）、抗氧化酶（CAT和SOD）以及抗氧化相关蛋白（Keap1）的相互作用。

作为配体的是SPSSS、SGTAV、NSVAA和对照组GSH。

对接软件是AutoDock Vina，用window10系统

分子3D结构的获取：

“小分子抗氧化肽：”
MarvinSketch设计并导出能量最小化结构
“自由基结构：”
DPPH（CID:2735032）和ABTs（CID:5360881）从pubchem中下载

“抗氧化酶和抗氧化蛋白：”
fSOD (PDB ID: 4MCM), CAT (PDB ID: 1DGB), and Keap1 (PDB ID: 4L7B) 
从pdb数据库下转