【生信】“随机森林”在生物信息学方面的应用

随机森林是一种基于决策树的机器学习算法,广泛应用于生物信息学,尤其在样本分类和回归任务中。通过集成学习,特别是Bagging策略,随机森林通过构建多个决策树并结合它们的预测,降低了过拟合风险。袋外错误率(OOB Error)提供了一种内部评估模型性能的方式,而无需额外的测试集。随机森林的主要优点包括高准确率、处理高维数据的能力以及特征重要性的评估。然而,它也有一些缺点,如模型的不可控性,需要通过参数调整来优化性能。
摘要由CSDN通过智能技术生成

“随机森林”在生物信息学方面的应用


简介

随机森林是一种基于决策树的机器学习算法,可以用于样本分类或回归任务,属于非线性分类器。因此它可以挖掘变量之间复杂的非线性的相互依赖关系。通过随机森林分析,可以找出区分两组样本间差异的关键成分。

基础知识

1. 集成学习(ensemble learning)

通过建立多个模型组合来解决单一预测问题。工作原理是生成多个学习器模型,各自独立地学习和做出预测,最后将这些预测结合成单预测。

根据个体学习器的生成方式,集成学习可以分为两大类:

  • 个体学习器间存在强依赖关系,必须串行生成的序列化方法,代表是Boosting
  • 个体学习器间不存在强依赖关系,可同时生成的并行化方法,代表是Bagging和随机森林

2.Bagging

Bootstrap sampling:自助采样法,就是随机有放回的抽取,有一部分样本会多次出现,另一部分样本不出现。初始数据集中约有1/3的样本未出现在采样数

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