如何进行DAP-seq的数据挖掘，筛选验证位点

最新推荐文章于 2024-09-28 16:13:47 发布
最新推荐文章于 2024-09-28 16:13:47 发布
阅读量1.9k 收藏 15
点赞数 11
分类专栏： DAP-seq 转录因子 文章标签： DAP-seq
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/Igenebook/article/details/142135937
版权

从样本准备到寄送公司，每一天都在“祈祷”有个心仪的分析结果，终于在这天随着邮件提示音的响起，收到了分析结果......

分析前工作

爱基在进行数据分析之前，会有两次质控报告反馈给老师们。第一个，基因组DNA的提取质控报告（图1）：保证DNA的完整性以及足够的量进行后续的富集亲和纯化；第二个，富集建库报告：构建DNA文库，利用磁珠富集与加完halo Tag标签表达的目的蛋白结合DNA片段，并纯化获得IP文库。这个过程中，为了检测蛋白表达的正常，爱基利用抗体对富集产物进行 WB 检测，同样对于文库也会进行质检（图2）。

图片

图1 DNA提取质控报告

图2 WB结果显示目的蛋白表达正常

分析思路

最低0.47元/天 解锁文章
The Plant Cell：DAP-seq技术助力揭示MdWRKY75调控苹果耐热性的分子机制
Bluescape的博客
07-04 567
通过RNA-seq、DAP-seq以及RT-qPCR试验筛选到MdWRKY75在热胁迫下的5个潜在靶基因。EMSA、酵母单杂交、GUS和双荧光素酶试验证明MdWRKY75正调控热激转录因子MdHsf4、MdHsfB2a和MdHsfA1d的表达。
20190904_chip-seq/ ATAC-seq/DAP-seq 原理理解
uqyuan0515的博客
09-04 1万+
染色质免疫共沉淀Chromatin Immunoprecipitation,ChIP 技术是指：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。该技术是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。 它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特...
蓝景科信DAP-SEQ（DNA亲和纯化测序）技术服务常见问题（Input对照是什么？）
Bluescape的博客
03-19 2420
DAP-SEQ技术简介 DAP-SEQ是基于DNA亲和纯化，通过体外表达转录因子鉴定TFBS的技术，具有不受抗体和物种限制，且高通量的优势，自该技术问世以来，已被广泛应用于转录调控和表观组学的研究。 那么关于DAP-SEQ都有哪些问题需要关注呢？ 1. DAP-seq原理、技术流程，能解决什么样的问题? 原理：体外表达的蛋白和DNA进行亲和纯化，将与蛋白结合的DNA洗脱后进行高通量测序。 技术流程：将编码转录因子的CDS序列构建到含有亲和标签的载体中，构建蛋白表达载体，进行体外蛋白表达，形成转录因子和亲和标
植物转录因子研究利器：DAP-seq实验分析流程及案例分享
Igenebook的博客
07-19 3316
DAP-seq与转录组结合表明，2080个基因是FvRIF介导的调控的直接靶点，包括与果实成熟的各个方面相关的基因。DNA亲和纯化测序技术（DAP-seq）是体外研究DNA与蛋白结合情况的技术，将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合，使用体外表达的TF蛋白对裸露的全基因组DNA片段进行孵育，以确定结合序列。（3）比对完成后会生成bam文件，利用软件对bam文件进行call peak，简单来看就是看在哪些位置有reads的显著性堆积，这个位置能体现出研究的转录因子结合的位置在哪里；
DAP-seq技术鉴定葡萄MADS-box转录因子VvMADS28的靶基因，揭示葡萄胚珠发育的调控机制
Bluescape的博客
05-15 1085
DAP-seq高通量地鉴定转录因子在基因组上的结合位点，预测下游基因。该研究使用DNA亲和纯化测序（DAP-seq）技术鉴定了葡萄中一个MADS-box转录因子的结合基序及其靶基因，揭示了VvMADS28参与葡萄胚珠和种子发育的调控机制，为培育无籽葡萄新品种奠定了理论基础。
DAP-seq在植物转录因子的应用案例助你打通研究思路
Igenebook的博客
09-28 880
蛋白质和DNA互作研究技术可以帮助我们研究转录因子结合的DNA序列到底是什么。目前应用较多的是染色质免疫共沉淀技术（ChIP-seq），但该实验对抗体要求较高，适用范围受到限制。另一种技术即DNA亲和纯化测序（DAP-seq），具有与ChIP-seq同样的功能，但该技术对样本量要求低，具有快速、高通量、节约时间成本等优势，更加适用于植物转录因子的研究。
BMC Plant Biol｜DAP-seq和RNA-seq揭示转录因子ZmCCT调节玉米光周期依赖性开花和胁迫响应
Igenebook的博客
03-02 1282
通过DAP-seq和RNA-seq联合分析发现ZmCCT可以调节玉米光周期依赖性开花和胁迫响应。
ChIP-seq/DAP-seq/ATAC-seq/CUT&Tag结果可视化-IGV使用攻略
Igenebook的博客
03-18 1万+
IGV(Integrative Genomics Viewer)，一款便捷的交互式使用工具，用于基因组数据的可视化，支持Windows/MacOS/Linux多平台使用，同时支持FASTA/GFF/GTF/BAM/BED/TDF/bedGraph/BEDPE/bigBED/bigGenePred/bigNarrowPeak/bigWig……主要有两种方法：1）大概定位法：根据基因的大概位置，下拉染色体框，选择对应的染色体，然后缩小区间。此外，我们的生信团队还能提供您挑选后的指定基因的可视化绘图服务。
DAP-seq文章 | DAP-seq技术在R2R3-MYB转录因子LmMYB15调控金银花绿原酸生物合成和苯丙素代谢的分子机制研究中的应用
Bluescape的博客
10-21 831
期刊：Plant Science 影响因子：5.363
STM32-daplink.rar_DAPLink 制作_daplink编译_hc-link改dap-link_stm32 d
07-13
在本压缩包文件中，你将找到与DAPLink相关的所有资源，包括工程文件、编译脚本以及可能的修改指南，特别是针对HC-Link转为DAP-Link的改造过程。 1. **DAPLink简介**： DAPLink是ARM公司开发的一种开放源代码固件，...
DAP-2310配置指南.zip
03-28
《DAP-2310配置指南》是一个关于D-LINK DAP-2310无线接入点（Access Point）的详细配置文档集合，主要涵盖了如何进行多SSID（Service Set Identifier）配置以及与交换机VLAN（Virtual Local Area Network）的结合...
03 如何理解atac-seq中的peak
生信小博士的博客
02-09 3141
*
DAP-seq完整技术实验流程和原理-蓝景科信河北生物科技有限公司
热门推荐
Bluescape的博客
07-08 1万+
蓝景科信河北生物科技有限公司 100+物种，1000+转录因子实战经验，周期短，费用低，已助力客户发表多篇文章。 DAP-seq具有与ChIP-seq同样的功能。通过体外蛋白表达技术，表达出带有标签的转录因子，和基因组DNA文库在体外进行结合，然后分离出所有与转录因子结合的DNA，再使用高通量测序，找到转录因子的结合位点。
DAP-seq技术在NAC转录因子负调控水稻对稻瘟病免疫反应分子机制研究中的应用|DAP-seq 2022年发表Journal of Integrative Plant Biology文章
Bluescape的博客
11-15 715
期刊：Journal of Integrative Plant Biology 影响因子：9.106
DNA亲和纯化测序（文库构建，蛋白表达，亲和纯化，测序分析）
m0_73569316的博客
09-28 399
实验操作复杂、在体外条件下成功表达和纯化转录因子存在困难、转录因子可能无法保持其在细胞内的活性和结构，影响其与DNA的结合能力、DAP-seq需要通过优化实验条件来确保转录因子与DNA的有效结合，这需要大量的预实验和条件筛选。DNA亲和纯化测序（DAP-seq）是一种用于研究转录因子与DNA互作的技术，特别是在转录因子与基因组DNA的结合位点分析中非常有用。在农业领域，通过调控作物的基因表达，可以改良作物的性状，如提高产量、改善品质、增强逆境抗性等。：利用转录因子与DNA的亲和性纯化结合的DNA片段。
喜报！DAP-seq文章6连发，总IF 95.2
Bluescape的博客
08-06 741
期刊：《Plant Biotechnol J》、《Plant J》、《Mol Plant》、《Cell》 物种：苹果、草莓、欧洲云杉、拟南芥、地钱、棉花
DAP-seq已经做过的物种有哪些（DAP-seq技术服务已做物种），已发表多篇高影响因子文章，无需制备抗体和构建转基因材料，为非模式植物的转录调控研究提供了新方法
Bluescape的博客
01-11 900
蓝景科信已经做过80多个物种的DAP-seq，模式植物和非模式植物均适用，无需制备抗体和构建转基因材料，已有多篇客户的高影响因子文章发表。
组态王仿真学习案例：石灰石断烧系统详解，实时历史曲线记录、报表分析与报警管理一网打尽，入门到进阶全功能展示
最新发布
05-02
内容概要：本文详细介绍了利用组态王进行石灰石煅烧系统的仿真开发，涵盖实时曲线绘制、报警系统配置、报表生成功能等多个方面。文章从实际案例出发，通过具体的代码片段和操作步骤，讲解了如何实现温度PID控制、设备联锁、能源统计等功能。同时，作者分享了许多实践经验，如解决曲线不刷新问题、优化报警逻辑、提高报表生成效率等，帮助读者快速掌握组态王的核心技术和应用场景。 适合人群：对工业自动化感兴趣的初学者以及希望深入了解组态王使用的工程师。 使用场景及目标：适用于需要构建工业控制系统仿真模型的学习者或开发者，旨在通过实例演练提升对组态王的理解和运用能力，最终能够独立完成类似项目的开发。 其他说明：文中提供了丰富的代码示例和技术细节，有助于读者更好地理解和实践。此外，还特别强调了一些常见的错误和注意事项，如控件命名规范、数据源绑定规则等，确保项目顺利实施。
CAD绘制圆形洞室展示图的初步实现.docx
05-02
CAD绘制圆形洞室展示图的初步实现.docx
对 dap-seq 输出的结果文件进行 motif 分析
03-31
1. 使用MEME进行motif分析 MEME是一种常用的motif分析工具，可以用于从序列数据中识别出潜在的motif。利用dap-seq输出的peak序列，可以使用MEME进行motif分析。 首先，需要将dap-seq输出的peak序列转换为fasta格式的文件。可以使用bedtools将peak序列提取出来，并将其转换为fasta格式： ``` bedtools getfasta -fi genome.fa -bed peaks.bed -fo peaks.fa ``` 其中，genome.fa为参考基因组序列文件，peaks.bed为dap-seq输出的peak文件，peaks.fa为输出的fasta格式的peak序列文件。 然后，可以使用MEME对peaks.fa进行motif分析： ``` meme peaks.fa -oc meme_output -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 20 ``` 其中，meme_output为输出结果的文件夹，-nmotifs指定需要识别的motif数量，-minw和-maxw分别指定motif的最小和最大长度。 2. 使用Homer进行motif分析 Homer是另一个常用的motif分析工具，也可以用于从序列数据中识别出潜在的motif。类似地，利用dap-seq输出的peak序列，可以使用Homer进行motif分析。 首先，需要将dap-seq输出的peak序列转换为bed格式的文件。可以使用bedtools将peak序列提取出来，并将其转换为bed格式： ``` bedtools sort -i peaks.bed > sorted_peaks.bed bedtools merge -i sorted_peaks.bed > merged_peaks.bed awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $1,$2,$3,"peak_"NR,".",$6}' merged_peaks.bed > peaks_homer.bed ``` 其中，peaks.bed为dap-seq输出的peak文件，sorted_peaks.bed和merged_peaks.bed为中间文件，peaks_homer.bed为转换后的bed格式的peak文件。 然后，可以使用Homer对peaks_homer.bed进行motif分析： ``` findMotifsGenome.pl peaks_homer.bed genome_dir homer_output -size 200 -p 8 ``` 其中，genome_dir为参考基因组序列文件夹，homer_output为输出结果的文件夹，-size指定motif的长度，-p指定使用的线程数。 3. 对比分析motif 对于使用不同的工具进行motif分析得到的结果，可以使用Tomtom进行对比分析。Tomtom是一个用于motif比对和聚类的工具，可以帮助用户在已知的motif数据库中搜索相似的motif，并将它们聚类为同一个motif家族。 首先，需要将使用不同工具得到的motif结果转换为meme格式的文件，并将其放入同一个文件夹中，如motif_dir。 然后，可以使用Tomtom进行对比分析： ``` tomtom -o tomtom_output -verbosity 1 -thresh 0.1 -eps -text -min-overlap 5 -dist pearson -no-ssc motif_dir/motif1.meme motif_dir/motif2.meme ``` 其中，tomtom_output为输出结果的文件夹，-thresh指定使用的阈值，-dist指定使用的距离度量方式，-no-ssc表示不使用自身比对，motif1.meme和motif2.meme为需要比对的motif文件。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值