图形化基因分析结果

最新推荐文章于 2021-06-17 14:47:40 发布
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文章标签： 图形 java
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图里的每一个元素都是一个motif séquntiels,我是用JAVA做的，欢迎索取代码。

BuddyLampson
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orthofinder直系同源蛋白分析及结果处理
Neptuneyut的博客
06-22 4133
文章目录安装使用简介摘要背景介绍 安装 (gtdbtk) [yutao@myosin Genome_integration]$ mamba create -n orthofinder -c bioconda orthofinder 使用 简介 OrthoFinder: phylogenetic orthology inference for comparative genomics Genome Biology, 2019 摘要 在此，我们提出了OrthoFinder方法的一个重大进展。它扩展了O
直系同源基因分析（orthofinder方法）
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weixin_44614936的博客
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直系同源基因分析（orthofinder方法）直系同源基因判定的方法有两种orthomcl这个方法已经是应用很广泛的一个方法了，但是存在问题：solve：原理：OrthoFinder2 可以推断出正交组，基因树，基因复制事件，有根树种和广泛的比较基因组统计数据，从而实现下一代系统发育学分析。安装orthofinder安装diamond安装mcl安装FastMe测试你是否可以运行OrthoFinde...
「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析
xuzhougeng blog
02-14 7406
谈论到直系同源基因分析的时候，大部分教程都是介绍OrthoMCL，这是2003年发表的一个工具，目前的引用次数已经达到了3000多，但这个软件似乎在2013年之后就不在更新，而且安装时还需要用到MySQL（GitHub上有人尝试从MySQL转到sqlite）。 而OrthoFinder则是2015年出现的软件，目前已有400多引用。该软件持续更新，安装更加友好，因此我决定使用它来做...
OrthoFinder, 对orthologous基因组的准确推断 OrthoFinder".zip
10-10
OrthoFinder, 对orthologous基因组的准确推断 OrthoFinder" OrthoFinder - 精确推断 orthogroups 。orthologues 。基因树和根species树 ！ 图1: 图2: 自动的OrthoFinder分析工具：做什么？OrthoFinder是比较基因组学的快速。准
SplitMEM:带后缀跳过的图形化全基因组分析-开源
04-29
随着改良的测序技术的兴起，基因组学正在从每个物种的单一参考范式扩展到一种更全面的泛基因组方法，该方法由多个个体共同代表和分析。 在这里，我们介绍了一种称为splitMEM的新颖O（n log n）时空算法，该算法直接...
GenVisR:基因组数据可视化
05-02
“ R中的基因组可视化”（GenVisR）试图通过提供高度可定制的出版物质量图形来减轻这种负担，这些图形支持多个物种，并且主要关注人群水平（即多个样本/患者）。 GenVisR尝试保持高度的灵活性，同时利用ggplot2和...
PanGP:PanGP 是一种快速分析细菌泛基因组谱的工具。-开源
05-30
PanGP 是一种快速分析细菌泛基因组谱的工具。 它集成了两种样本算法，可以以极低的时间成本计算出几十个或几百个菌株的群体的泛基因... 同时，设计了一个人性化的图形界面，PanGP可以直接绘制有关全基因组图谱的图像。
altanalyze:AltAnalyze是一个多功能且易于使用的软件包，用于自动化单细胞和大量基因以及剪接分析。 可从我们的网站获得易于使用的预编译图形用户界面版本
05-01
RNA-Seq基因，剪接和途径分析的自动化跨平台工作流程 AltAnalyze是一种的开源分析工具，可用于广泛的基因组分析。 这些分析包括直接处理原始单细胞和大量或微阵列数据文件，用于和高级方法，差异表达分析，替代剪接/...
ABHgenotypeR:ABHgenotypeR R软件包可轻松可视化和操作ABH基因型
05-14
ABH基因型ABHgenotypeR R软件包可轻松可视化和操作ABH基因型。介绍ABHgenotypeR软件包为基因型数据提供了简单的插补，纠错和绘图功能。 此软件包中的功能最初是针对GBS / QTL分析管道开发的，其描述如下： 古田...
记录贴---解决一个使用orthofinder时遇到的小问题
m0_47014118的博客
06-11 2789
记录贴—解决一个使用orthofinder时遇到的小问题 本人生信小白（连linux都不会的小白），最近想要做基因家族分析才开始接触orthofinder，小问题遇到很多，今天很开心解决了一个小问题，记录一下快乐的心情（估计大佬们看到要笑我了，大佬勿看） #使用orthofinder时遇到了如下问题 $ orthofinder -h Traceback (most recent call last): File “/pub/anaconda3/bin/orthofinder”, line 3, in fr
OrthoFinder 2.0 原理及所涉及的相关概念
浓香鸭腿面的博客
01-11 1万+
文章内容主要参考： https://github.com/davidemms/OrthoFinder https://davidemms.github.io/ OrthoFinder 功能 查找直系同源组和直系同源物 推断所有直系同源组的有根基因树 识别基因树中的所有基因重复事件 推断有根物种树，并将基因复制事件从基因树映射到物种树上 为不同物种基因组间的比较分析提供全面的统计信息 OrthoFinder 功能及优势 使用 DIAMOND 软件进行 blast，大幅提高 blast 速度。 使
图形化生物软件专题（2）：IGV
xxxie_的博客
06-23 1558
耳听为虚，眼见为实，很多时候我们需要用眼睛来亲自看一下发生了突变的SV。尤其是这些突变非常关键的时候。通过可视化进一步确认SV的可靠性是非常有必要的。IGV就是这样一款非常有用的基因组可视化工具。tablet只能用来看测序数据，而IGV除了能够查看每个位点的测序覆盖情况，同时也可以查看位点的突变情况，功能更加强大。 IGV Integrative Genomics Viewer 交互式基因组浏览器，它是一种高性能的可视化工具，用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型，包括array-base.
同源基因查找软件OrthoMCL的使用[转载+再编辑]
no_giveup的博客
06-26 4509
同源基因查找软件OrthoMCL的使用。
Day 1 - 基本语法
qq_41175455的博客
09-22 1092
Day 1 1.基本语法 一、语句 （1条有效程序） print('你好！') print('世界！') # 一行有多条语句，要用分号隔开 print('你好！');print('世界！') 二、注释 注释是代码中不参与编译执行的说明性文字（不影响程序功能） # 单行注释————Ctrl+/ print('hello world!') # 在控制台打印hello world! # 多行注释————将文字放入一对'''或"""之间 """ 注释1 注释2 注释3 """ ''' A B
同源基因查找软件OrthoMCL的使用
海骆驼的沙漠
02-14 1万+
OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/)主要用来找直系同源基因以及旁系同源基因。它主要在比较完整的基因组之间找直系同源基因。OrthoMCL的使用主要13步，可以参考doc/OrthoMCLEngine/Main/UserGuide.txt。为了方便运行OrthoMCL，可以建立一个工作目录“my_orthomcl_dir”。 1>配置OrthoMCL程序
基于图形化的实用化故障分析软件系统开发
weixin_30633949的博客
07-31 79
基于图形化的实用化故障分析软件系统开发 一、概要 介绍了一个基于图形用户界面使用Visual Graph图形平台与VC++开发的软件系统，该系统在故障计算时，可辅助电力部门继电保护人员更好地进行电力系统短路电流计算分析序网图和计算序网电流的结果：本系统有三个主要功能，1.用来设计电力网络单线图，2.演示同一网络对应的正序、负序和零序网络图，3.根据故障类型和地点来演示每一个序网图的电流...
教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]
abai0410的博客
06-17 4123
写在前面 基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。相比于几年前火爆的通过转录组测序挖掘生物学问题策略，通过基因组，尤其是比较基因组分析，往往可以给我们带来更多确定性结果，如相比于近源物种A为何物种B的果皮更红？这完全有可能是特定家族成员扩张导致。这些问题，转录组常常无法告诉我们，而基因组可以。接下来推出两份教程，来自课题组成员的投稿。我个人感觉还不错。与大伙一起学习。 同源基因分析介绍 开展生物信息数据分析的关键，并不在于软件使用，而在于了解自己在做什么。我们先厘清一些概念。 Q：什么是同源基因
41、OrthoMCL和mcl软件进行基因家族分析
weixin_30408309的博客
12-16 1119
转载：http://www.realbio.cn/news/124.html https://blog.csdn.net/seallama/article/details/43820763 http://www.cnblogs.com/huangying78/p/8638506.html 1. 数据库的配置 OrthoMCL的分析需要先行建立mysql账户并建立相应的数据库。关于...
r语言批量基因生存分析
最新发布
07-28
R语言是一种开源的统计编程语言，广泛应用于生物信息学领域。在基因生物学研究中，R语言可以用于批量基因生存分析。 基因生存分析是一种用于研究基因与生物体存活时间之间的关系的方法。通过分析基因的表达水平与生存时间的关联，我们可以了解哪些基因可能与特定疾病的发生和发展有关。 在R语言中，有许多包可以用于批量基因生存分析，例如“survival”包和“survminer”包。 首先，我们可以使用“survival”包进行生存数据的概括和统计分析。这个包提供了一系列函数，如生存曲线的绘制、卡方检验、Cox比例风险模型等。我们可以使用适当的函数来探索基因与生存时间之间的关联。 另外，我们可以使用“survminer”包来更加直观地展示生存分析的结果。这个包提供了一些可视化函数，例如绘制Kaplan-Meier曲线、制作生存曲线棒图和森林图等。这些图形可以帮助我们更好地理解和解释基因的影响。 执行批量基因生存分析时，我们需要首先准备好生存数据和基因表达数据。然后，我们可以使用R语言中的相应函数来进行统计分析和可视化。 总而言之，R语言是进行批量基因生存分析的强大工具。它提供了丰富的函数和包，可以帮助生物学家更好地理解基因与生存时间之间的关系。通过使用R语言进行基因生存分析，我们可以为基因研究和疾病预后提供重要的信息。

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