统计fastq格式的数据质量值

最新推荐文章于 2024-06-22 00:44:02 发布
最新推荐文章于 2024-06-22 00:44:02 发布
阅读量4.1k 收藏 3
点赞数 2
分类专栏： 生物信息分析 回顾
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/Cassiel60/article/details/89400551
版权

现在对fastq格式的数据进行统计的软件也很多

1.FastQC，目前也是用的比较多 

2.readfq 用来统计各种质量值

3.fqcheck 我自己用的比较少 ，它会统计每条reads，按read 1-100位点计算每个位置的ACGTN含量，Q20，Q30等

4.iTools 主要也是统计质量值，功能很多

5.FxTools  用于全面分析FASTA和FASTQ文件，涵盖用户从序列修改到数据分析的需求，有Fatools , Fqtools and Formtools组成

6.FASTX-Toolkit  FASTQ/A 格式数据的处理工具

7.fastp 自动化质控+过滤+校正+预处理软件 

 

 

持续更新汇总。。。

爱笑的小牙
关注
  • 2
    点赞
  • 踩
  • 3
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
python：批量汇总统计fastq文件序列数、碱基数、GC%、MaxLength、MinLength
weixin_48794920的博客
07-13 2994
python：文件查询，统计fastq序列数、碱基数、GC%、MaxLength、MinLength 前面写了类似的上篇，用来处理一个样品的测序数据。这篇可以处理多个测序数据。 一、输入数据 tree rawdata rawdata ├── CON1_R1.fastq ├── CON1_R2.fastq ├── CON2_R1.fastq ├── CON2_R2.fastq ├── CON3_R1.fastq ├── CON3_R2.fastq ├── TREAT1_R1.fastq ├── TREAT1_
fasta与fastaq的区别以及格式转换
XIUXIU179的博客
11-24 1万+
1.1）测序质量值 首先在了解fastq，fasta之前，了解一下什么是质量值。Phred 功能是处理测序仪直接生成的色谱图，给出相应的碱基和质量值。不同的测序仪会给出不同的色谱文件，Phred 能够识别三种格式的色谱文件，SCF, ABI 和预先处理的 ESD 格式。 碱基的测序质量值 Q 和此碱基出错的概率 Pe 相关。公式：Q = -10 log10( Pe )。phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值，这个质量值的计算与测序预期错误率相...
测序数据质量统计软件fastqc,multiqc
qq_27390023的博客
09-28 791
简单用法 fastqc test1.fq # 处理一个文件 # -t ${threads} # 处理多个文件 fastqc *fq ls *fq|xargs fastqc 利用循环语句 for file in $(ls *fq);do fastqc $file;done for file in `ls *fq`;do fastqc $file;done # 后台执行，并行处理 for file in `ls *fq`;do fastqc -t 2 $file &;done 打开结
readfq安装与使用（生物信息学工具-023）
最新发布
weixin_44874487的博客
06-22 940
一些简单的基准测试结果：将包含 2500 万个 100bp 读数的 FASTQ 转换为 FASTA，FASTX-Toolkit（仅解析 4 行 FASTQ）耗时 325.0 CPU 秒，EMBOSS 的 seqret 耗时 247.8 秒。对于脚本语言的用户，建议直接复制粘贴函数，而不是将 readfq 作为库使用。桂元苗. 面向蛋白互作预测的序列数据特征识别研究[D]. 中国科学技术大学, 2019. DOI:10.27517/d.cnki.gzkju.2019.000074.
FASTQ 数据质量统计工具
weixin_34241036的博客
02-20 1537
主流工具： FastQC fqcheck readfq 拿到测序数据的第一步就是做质量控制 fqcheck之后得到的结果： 它会统计每条reads，按read 1-100位点计算每个位置的ACGTN含量，以及0-41质量值的个数 最终会得到整体的错误率，GC，Q20，Q30 the default quality shift value is: -64, ...
fastq fasta 序列数快速统计
五月的田野
07-26 6461
fasta序列条数统计 统计大于号开始的行数 # 通过搜索>的数量 grep -c '^>' myFasta.fasta #seqkit统计提取 seqkit stats t.fa -T | grep -v file | cut -f 4 fastq序列条数统计 压缩格式解压，统计行数除以4 # 通常以fastq.gz格式压缩 zcat input.fastq.gz |...
fastq序列质量Q30统计软件
五月的田野
08-13 5849
FaQCs 使用perl编写，R画图。不仅可以统计质量，Q30，还可以trim序列。安装简单准备好两个需要的perl 模块,下载github上的文件，然后直接cd lib;./INSTALL.sh。 https://github.com/LANL-Bioinformatics/FaQCs fastqc java写的，速度快，结果清晰，但结果没有Q30比值 http://www.bioinf...
fast软件_【Nanopore】5. fast5和fastq格式比较及使用basecalling软件获取序列信息
weixin_39860919的博客
11-30 3505
前言 有好几天没有更新了，期间有一些小繁忙，没有充分的时间准备写作素材。今天周末，有时间写一写了。前几篇文章中我们分享了Nanopore提高碱基判读准确性的几种方法：包括改善1)测序文库；2)Basecalling工具；3)Reader。今天我们具体看一看basecalling的过程是如何完成的。在3. Basecallin...
fastq质量值_fastq 数据格式解析
weixin_36247891的博客
01-17 1196
概念介绍Read 读段Read 中文翻译： 读段，来自测序仪的raw data一个Read 可能由多个片段组成， Read的索引是测序时的顺序Sequencing quality 测序质量测序仪在测序的时候，每次测出来的结果可能都不一样(仪器误差 序列长度等各方面因素)， 所以往往需要多测几次，最后开决定是哪一个碱基。Phred_Figure_1.jpgSequencing quality 是度...
fastq质量值_FASTQ格式解释和质量评估
weixin_42518709的博客
01-17 1869
FASTQ文件格式和命名高通量测序之后用于下游分析的数据一般存储在FASTQ文件中。为了节省空间，又不影响下游使用，也一般用gzip压缩的格式。单端测序每个文库只返回一个FASTQ文件，双端测序两个FASTQ文件，左端一般命名为_1或R1，右端命名为_2或R2。假如样品名字为ehbio，双端测序三个重复。习惯命名为ehbio_1_1.fq.gz ehbio_1_2.fq.gz, ehbio_2_...
fastq质量值_转录组入门3-测序数据质量检查
weixin_36333097的博客
01-17 1204
目的与任务：了解fastq测序数据需要用安装好的sratoolkit把上一节中下载好的SRA文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件检查测序文件的质量！作业：理解测序reads，GC含量，质量值，接头，index，fastqc的全部报告，搜索中文教程，并发在论坛上面SRA文件转换为fastq文件用sratoolkit将NCBI上下载的sra文件转换成fastq文件，以便进行下一步...
readfq-master_readfq_测序base_
09-30
计算测序数据的reads数和base数。
计算fq中read数量的程序
01-04
生物信息分析，计算fq文件中read数目
FASTX.jl：解析和处理生物序列的FASTA和FASTQ格式的文件
02-04
质量分数行的字符对应于每个碱基的质量值，常见的编码包括Sanger Phred和Illumina 1.8+。 **FASTX.jl库的功能** FASTX.jl库为Julia用户提供了一系列工具，便于处理这些文件。它可能包含以下功能： 1. **读取和写入...
seqtk-Introduction.zip_fastq
09-22
seqtk可以通过`seqtk qualhist`命令生成质量值的直方图，帮助研究人员评估数据的整体质量。此外，`seqtk seq`命令可以设置质量阈值，过滤掉低于该阈值的碱基。 3. **FASTQ与FASTA格式转换（Format Conversion）** ...
RNA-seq流程学习笔记（4）-使用FastQC软件对fastq格式的数据进行质量控制
热门推荐
垚垚爸的博客
05-19 1万+
今天开始学习使用FastQC软件对范例SRA测序文件的质量进行分析。数据质控是一个综合的评价标准，其中主要指标为碱基质量与含量分布，如果这两个指标合格，后面大部分指标都可以通过；如果这两项不合格，其余都会受到影响。 其中一些指标并不适合所有数据，例如DNA测序数据与RNA测序数据之间的差异等，要根据具体数据类型具体分析。 ...
FastQC——测序数据质量分析
W_LAILAI的博客
11-23 4930
下载安装与配置 cd ~ wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.3.zip unzip fastqc_v0.11.3.zip cd FastQC/ sudo gedit /etc/profile 添加文件末尾并保存： export PATH=/home/WANGLAILAI_ubuntu...
lh3/readfq: A set of fast FASTA/Q readers and writers
gitblog_00080的博客
03-14 411
lh3/readfq: A set of fast FASTA/Q readers and writers lh3/readfq 是一套快速的 FASTA 和 FASTQ 格式读取和写入工具。 项目简介 FASTA 和 FASTQ 格式是基因组学中常用的序列数据存储格式，但它们的处理通常需要专业的编程知识和技术。lh3/readfq 提供了一套高效的 FASTA 和 FASTQ 文件读取和写入...
如何用python计算fastq文件中碱基的质量值
03-22
可以使用BioPython库中的SeqIO模块来读取fastq文件，并使用Phred_quality_scores()函数计算碱基的质量值。以下是示例代码： ```python from Bio import SeqIO # 读取fastq文件 records = SeqIO.parse("example.fastq", "fastq") # 遍历每个序列并计算碱基质量值 for record in records: qualities = record.letter_annotations["phred_quality"] print("Sequence ID:", record.id) print("Quality scores:", qualities) ``` 其中，"example.fastq"是fastq文件的路径，可以根据实际情况进行修改。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值