单细胞测序——基本知识

出这个篇章的原因是因为可能大家对单细胞测序中的一些基本知识并不了解，所以在此做一些补充

单细胞测序平台

常用的测序平台有三个
1.Single Tube人工操作法
原理：在完成单个细胞的分选后，进行mRNA全长扩增及建库，完成单细胞样本的上机测序分析。
优点：对样本需求量较低，可从实验的开端判断细胞状况；基因检出率高。
缺点：人工技术要求较高；通量低、成本较高
适用范围：微量细胞样本，适用于深入研究
2.微孔板技术平台
原理：利用大量的微孔完成细胞的捕获，随后进行单细胞转录组文库的构建。加入带有barcode的磁珠，同捕获的单细胞相结合。裂解液加入后，结合不同磁珠的细胞被转移到试管后，进行后续反转录、扩增及3’端建库测序
优点：成本低，通量高；利于个性化研发。
缺点：对细胞总量要求较高；基因检测率低；操作步骤较多。
适用范围：大规模细胞样本（适用于分群研究）
3.10xGenomics ChromiumTM平台
原理：基于流体力学原理实现细胞分选，适用于高通量、大规模的单细胞研究，技术核心是含有75万种barcode的油滴包裹的凝胶珠（GEMs），能在10分钟内自动完成多至80,000个细胞的捕获
优点：微流控技术平台成本低，通量高；操作简便
缺点：对细胞总量及活性要求较高；基因检测率低；个性化研发成本较高。
适用范围：大规模细胞样本

UMI是什么？作用是什么？

UMI（唯一分子识别标签）
在单细胞测序中的作用：因为mRNA反转录后每一个mRNA会随机连接一UMI,因此计数不同的UMI就可以计算出mRNA的数量，在图中用nCOUNT_RNA表示横竖坐标。

P-VALUE与P-adj他俩在图中代表什么？

P-VALUE是一个概率学方面的一个方法，反应的是实际结果与理论结果的差值，在做差异分析的时候，值越小越好
P-adj是校正过的P-VALUE，值更具有可信性，同理值越小越好。

在做富集分析的时候GO中的CC,BP,MF是什么意思?

1.MF:分子功能
用于描述基因、基因产物个体的功能，如与碳水化合物结合或ATP水解酶活性等
2.CC：细胞学组件
用于描述亚细胞结构、位置和大分子复合物，如核仁、端粒和识别起始的复合物等
3.BP：生物学途径
分子功能的有序组合，达成更广的生物功能，如有丝分裂或嘌呤代谢等。