Dune数据的ANOSIM分析：使用R语言

最新推荐文章于 2024-08-25 11:43:46 发布
最新推荐文章于 2024-08-25 11:43:46 发布
阅读量271 收藏 1
点赞数 1
文章标签： r语言 开发语言 R语言
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/CyberBladeX/article/details/132546408
版权
R语言 专栏收录该内容
100 篇文章 23 订阅 ¥59.90 ¥99.00
订阅专栏
本文介绍了如何使用R语言对Dune数据集进行ANOSIM分析，以比较不同生态位置的相似性。通过计算Bray-Curtis距离和执行ANOSIM，分析结果显示了位置间的差异程度，帮助理解生态系统结构。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Dune数据的ANOSIM分析：使用R语言

ANOSIM（Analysis of Similarities）是一种用于比较不同组间相似性的非参数统计方法。在本文中，我们将使用R语言进行Dune数据集的ANOSIM分析。我们将介绍ANOSIM的基本原理，并提供相应的源代码以供参考。

  1. 数据集介绍
    Dune数据集是一个经典的生态学数据集，包含了30个样本和30个变量。每个样本代表了一个生态系统中的不同位置，而每个变量代表了该位置的植物物种。我们的目标是根据植物物种的组成，比较不同位置之间的相似性。

  2. 安装和加载必要的包
    在开始之前，我们需要安装并加载一些R包，以便进行ANOSIM分析。我们将使用以下代码安装和加载这些包：

install.packages("vegan")  # 安装vegan包
library(vegan)            # 加载vegan包
  1. 数据导入和预处理
    接下来，我们将导入Dune数据集并进行必要的预处理。我们将使用以下代码完成这些步骤：
data(dune)      # 导入Dune数据集
dune            # 显示数据集内容

# 去除缺失值
dune
了解本专栏 订阅专栏 解锁全文
前端智慧
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 1
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
订阅专栏
dune 数据的 ANOSIM 分析
Mrrunsen的博客
07-22 411
请注意，对于实际数据集，分析结果可能会因数据特点和环境因子的不同而有所不同。ANOSIM statistic R 表示 ANOSIM 分析的 R 值，它表示样本间的相似性程度。在这个例子中，R 值为 -0.001423，接近于0，表示样本间相似性很高。在这个例子中，P 值为 0.453，大于0.05，说明群落间的相似性差异不显著。根据分析结果，您可以得出结论：在这个示例数据集中，样本间的相似性较高，群落结构差异不显著。包含了 20 个样本（行）和 30 个物种（列），每个单元格表示样本中对应物种的丰度。
浅析『链上数据分析』 ： 区块链 + 数据分析
data_cola的博客
12-07 3857
什么是链上数据分析？链上数据分析，顾名思义，就是对区块链上的数据进行分析。其实就是将数据分析运用到区块链行业上，和其他的如电商数据分析一样，没有什么特别大的区别，只需要我们有数据分析的思维，掌握数据分析的技能，会用数据分析的工具，同时理解区块链行业.下图是一个链上数据分析的案例。要做好链上数据分析，首先要了解什么是区块链，我试着用简单的语言来描述区块链。一提到区块链，我们首先想到的就是，可以说，比特币是区块链技术的一个应用。关于比特币，最好的学习方法，是直接看它的白皮书——《比特币：一种点对点电子货币系统》
2、用R做OTU表的adonis和anosim分析
weixin_65283273的博客
07-28 2258
Adonis，多元方差分析，亦可称为非参数多元方差分析。其原理是利用距离矩阵（比如基于Bray-Curtis距离、Euclidean距离）对总方差进行分解，分析不同分组因素对样品差异的解释度，并使用置换检验对其统计学意义进行显著性分析。ANOSIM（analysis ofsimilarities）分析，也叫相似性分析，主要是用于分析高维度数据组间相似性的统计方法。R2越大说明组间差异越显著，反之为负值则说明组间差异小于组内差异。在进行pcoa或NMDS分析的时候，经常需要一个p值来衡量组间差异是否显著。
R统计绘图-NMDS、环境因子拟合(线性和非线性)、多元统计(adonis2和ANOSIM)及绘图(双因素自定义图例)
qq_39859424的博客
02-23 3111
在PCA、PCoA、CA和NMDS非约束排序方法中，只有NMDS不是基于特征向量的排序方法，不会最大化排序轴所代表的变量方差(可旋转轴，达到PCA的效果，PC1代表最大方差)。书中提到PCoA等的排序结果，可以作为NMDS的输入，用于将超过2-3D的数据空间，在2-3D的维度展示出来。)提到“NMDS分析对0值不太敏感，即使有较多的0，也可以得到较为稳健的结果”。如果拿不准要选择那种转换方法和距离指数，就在满足分析假设的前提下，把所有分析都做一遍，选择分析效果更好的方法就行，不要让自己陷入纠结，浪费时间。
在线作图丨差异分析——ANOSIM相似性分析
weifanbio的博客
08-02 1万+
Question 1：什么是ANOSIM分析？ ANOSIM分析（Analysis of Similarities）即相似性分析，主要用于分析高维数据组间相似性，为数据间差异显著性评价提供依据。在一些高维数据分析中，需要使用PCA、PCoA、NMDS等方法进行降维，但这些方法并不显示组间差异的显著性指标，因此可以使用ANOSIM分析解决此问题。 ANOSIM相似性分析是一种非参数检验，用来检验组间（两组或多组）差异是否显著大于组内差异，从而判断分组是否有意义。首先利用Bray-Curtis算法计算两两样品间
【R生态】非参数多元检验（ADONIS、ANOSIM、PERMANOVA及MRPP等多元方差分析）
R酷的数据科学笔记
02-17 1万+
R语言多元方差分析ADONIS、ANOSIM、PERMANOVA及MRPP的应用~
liquidity:使用OCaml和ReasonML语法的Dune Network（和Tezos）高级语言，以及来自Michelson的反编译器
05-09
流动性是用于编程Dune Network（和Tezos）智能合约的语言。 它使用OCaml（和ReasonML）的语法，并严格遵守Michelson的安全限制。 流动性根据的条款进行分配。 流动资金项目 流动性项目包含： 从Liquidity文件（扩展...
生态学统计分析软件PRIMER-E7进行相似性分析（ANOSIM）
qq_45489508的博客
02-28 738
第三列：显著性（注意单位是%，比如显示0.1，其实显著性是千分之一）（=第五列/第三列×100）③两个矩阵（一个R的矩阵（下图），一个显著性的矩阵（没放出来））以上为个人翻译用户手册理解，自用（借鉴请自行鉴别内容正确性）有单因素 双因素交叉或嵌套 三因素交叉或嵌套。数据输入完了之后空一行是FACTOR的数据。①直方图（测试R值和真实R值（虚线））②统计结果（全局检验+配对检验）第六列：超过真实R值的个数。配对检验中：第一列是配对。（里面都包含是否有序）第四列：可能排列的数量。第五列：实际排列的数量。
R语言微生物群落稳定性AVD指数代码
weixin_42599558的博客
02-14 849
下面是计算AVD指数的R代码： library(vegan) # 读入微生物群落数据 data <- read.table("microbial_community_data.txt", header = TRUE) # 计算抽样间的bray-curtis距离矩阵 bc_dist <- vegdist(data, method = "bray") # 计算AVD指数 AVD &l...
16S ANOSIM 相似性分析
rojyang的博客
08-16 6094
ANOSIM 相似性分析 （非参数检验） 原理：首先利用 Bray-Curtis 算法计算两两样品间的距离，然后将所有距离从小到大进行排序。 目的：用来检验组间（两组或多组）的差异是否显著大于组内差异，从而判断分组是否有意义。R∈(-1，1) 之间，R>0，说明组间差异显著；R<0，说明组内差异大于组间差异 画图参考上一篇PCA、PCoA、NMDS、Anosim学...
PCA 主成分分析 (sklearn PCA) Python实现 & 3D
hxxjxw的博客
08-23 970
PCA(Principal Components Analysis)即主成分分析，也称主分量分析或主成分回归分析法，是一种无监督的数据降维方法 首先利用线性变换，将数据变换到一个新的坐标系统中；然后再利用降维的思想，使得任何数据投影的第一大方差在第一个坐标(称为第一主成分)上，第二大方差在第二个坐标(第二主成分)上。这种降维的思想首先减少数据集的维数，同时还保持数据集的对方差贡献最大的特征，最终使数据直观呈现在二维坐标系。 ...
PCA、PCoA、NMDS、Anosim学习
rojyang的博客
08-06 1万+
参考： https://max.book118.com/html/2017/1103/138779111.shtm https://jingyan.baidu.com/article/0964eca212f6a88284f53675.html https://mp.weixin.qq.com/s/ZKvQieq_6KX6l6LZyUz7jA 三文读懂PCA和PCoA（一） PCA，...
PCA、PCoA、NMDS、Anosim R绘图
rojyang的博客
08-08 1万+
基于R包 PCA R绘图 vegan ### 输入文件的格式处理 >head(dataT) sp1 sp2 sp3 sp4 ... sample1 相对丰度 sample2 sample3 ... >dataTD=decostand(data,"hell") ## 数据的标准化“采用total标准化以后再取平方根” ...
【R语言 | 如何计算测序数据微生物种类的生态位宽度?如何解释结果】
u011794835的博客
05-22 2905
R语言 | 如何计算测序数据微生物种类的生态位宽度?如何解释结果参考见https://mp.weixin.qq.com/s/MAk7cEQNwUKCKRZ-6xFhbQ（通往学术之路公众号） 参考见https://mp.weixin.qq.com/s/MAk7cEQNwUKCKRZ-6xFhbQ（通往学术之路公众号） install.packages(“vegan”)#安装vegan library(vegan)#导入 library(permute)#安装相应的根据提示包 library(lattice
Having和WHERE
qq_40707269的博客
10-14 226
1.having用在分组后，对分组结果进行筛选,where用在分组前，先where在分组 2.Having经常和分组和聚合函数一起使用
R语言中常用的生物多样性指数的计算（Alpha,Beta,Gamma,功能多样性,系统发育多样性）
热门推荐
weixin_45803246的博客
04-14 2万+
library(vegan) ##加载群落数据分析常用的包 data(BCI) ##vegan包中自带的群落数据 shannon <- diversity(BCI,MARGIN = 1) ## Shannon 多样性指数， MARGIN=1 计算行的多样性 ，一般的群落数据表行名为样方名，列名为物种名 index默认为“shannon” simpson <- diversity(BCI,index = “simpson”,MARGIN = 1) ## Simpson多样性指数 SR
基于R语言遥感随机森林建模与空间预测
weixin_48230888的博客
08-20 673
因此，遥感随机森林建模与空间预测的应用能够有效提升遥感数据分析的精度和可靠性，是许多研究者关注的热点。在R语言中，随机森林的实现与应用非常方便，R语言提供了多种包用于构建和优化随机森林模型。此外，R语言在数据可视化方面的优势使得用户能够直观地展示模型的结果和变量的重要性，进一步提高了分析的可解释性和应用价值。因此，R语言中的随机森林工具因其易用性、灵活性和强大的功能，成为遥感数据分析中不可或缺的工具。（2）R语言基础语法与数据结构，包括：程序包安装、加载、更新，数据读取与输出，ggplot2常规画图等。
Python和MATLAB及R平均意见得分导图
最新发布
跨学科知识视角展现
08-25 822
1. 文本转语音2. 预测语音视频得分3. 后验分布预测语音质量4. 移动端语音质量测量5. 英伟达GPU深度学习语音质量评估6. 秩统计平均意见得分比较置信区间7. 音频波形质量等分测评8. 转换语音和自然语言相似性评估
R 语言学习教程，从入门到精通，R 绘图饼图（23）
qq_45746668的博客
08-24 689
条形图，也称为柱状图条形图，是一种以长方形的长度为变量的统计图表。 条形图可以是水平或垂直的，每个长方形可以有不同的颜色。
R语言肠道菌群主成分分析
10-12
在R语言中，可以使用多种包进行主成分分析，如FactoMineR、vegan等。 下面是一个简单的肠道菌群主成分分析的R代码示例： ```R library(vegan) data("dune") pca (dune) summary(pca) ``` 其中，dune是一个内置的...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值