dune 数据的 ANOSIM 分析

ANOSIM（Analysis of Similarities）是一种用于比较不同群落（样本组）间相似性的统计方法。在 R 中，可以使用 vegan 包中的 anosim() 函数来执行 ANOSIM 分析。以下是具体的教程：

为了进行 ANOSIM 分析，我们可以使用R中内置的数据集dune，它包含了一个关于群落结构的示例数据。

1. 加载内置数据集和 veagn 包

# 加载 vegan 包
install.packages("vegan")
library(vegan)

# 加载内置数据集 dune
data(dune)

2. 查看数据集

# 查看数据集 dune
print(dune)

数据集 dune 包含了 20 个样本（行）和 30 个物种（列），每个单元格表示样本中对应物种的丰度。

3. 计算物种相似性矩阵

# 使用 Bray-Curtis 距离计算物种相似性矩阵
distance_matrix <- vegdist(dune, method = "bray")

# 输出相似性矩阵
print("Bray-Curtis 相似性矩阵:")
print(distance_matrix)
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