R语言提取韦恩图交集信息

最新推荐文章于 2024-04-21 13:48:31 发布

F_zero_T_hero

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文章标签：程序人生

本文链接：https://blog.csdn.net/F_zero_T_hero/article/details/128044843

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本文介绍了如何使用R语言的VennDiagram包绘制韦恩图，并详细讲解了如何从韦恩图中提取交集基因信息。通过示例数据展示了从CSV文件读取基因集合，生成韦恩图，然后利用get.venn.partitions函数获取交集数据框，并进行数据清洗，最后将结果保存到文件的过程。

摘要由CSDN通过智能技术生成

背景

最近看“生信技能树”R语言相关教程，发现对于常见的韦恩图操作中，有这样的一个需求：不仅需要得到venn图还希望提取交集的元素信息。联想到之前自己项目中有这一部分，故整理。

Venn图绘制

输入数据：

原始输入数据是当时项目中得到三个基因集中的相关差异基因。 alt

出图：

首先将三个基因集中基因保存至“venn_list”变量中；通过R包“VennDiagram”中的“venn.diagram”函数可以一键出图，其中通过"filename"参数指定保存的路径及文件名；最终效果图如下： alt

提取交集元素

首先通过“get.venn.partitions”函数拿到交集信息存为变量“inter”,为数据框（内容如下），结合上述venn图很容易理解下述表格信息；接下来就是进行数据清洗的内容，拿到我们想要的交集信息，并保存至文件。 alt

#读取CSV文件
dat <- read.csv("Diff_Groups.csv", header = T)

G8671_list <- dat$G8671_Groups[1:482]
G37364_list <- dat$G37364_Groups[1:318]
TCGA_list <- dat$TCGA_Groups[1:2984]

#韦恩图（VennDiagram 包，适用样本数 2-5）
library(VennDiagram)

#指定统计的分组列，并设置作图颜色、字体样式等
venn_list <- list(G8671 = G8671_list, G37364 = G37364_list, TCGA = TCGA_list)
venn.diagram(venn_list, filename = 'venn.png', imagetype = 'png', 
             fill = c('red', 'blue', 'green'), alpha = 0.50, 
             cat.col = c('red', 'blue', 'green'), cat.cex = 1.5, cat.fontfamily = 'serif',
             col = c('red', 'blue', 'green'), cex = 1.5, fontfamily = 'serif')

inter <- get.venn.partitions(venn_list)
for (i in 1:nrow(inter)) inter[i,'values'] <- paste(inter[[i,'..values..']], collapse = ', ')
write.table(inter[-c(5, 6)], 'venn_inter.txt', row.names = FALSE, sep = '\t', quote = FALSE)