非因解读 | 单细胞空间蛋白质组分析技术揭示乳腺癌循环肿瘤细胞(CTC)与肿瘤异质性及肿瘤免疫的关系

单细胞空间蛋白组分析是一项基于荧光标记抗体染色的超多标组织成像技术，该技术将多重蛋白表达谱的定性、定量信息与单细胞组织原位信息进行整合，可在一张病理切片上基于组织及细胞原位对多达60 种蛋白进行多种分析。

非因生物建立的单细胞空间蛋白组分析平台为临床病理组织的空间细胞生物学和蛋白功能深度分析提供了全新的分析手段，平台拥有350+ 经严格验证的抗体资源库，支持结合研究方向和研究热点设计灵活的整体实验方案，是肿瘤微环境、免疫学肿瘤生物学、神经生物学、病理标志物诊断的全新研究利器。

下面，我们通过一篇分析研究案例，来展示单细胞空间蛋白质组学分析的应用场景和应用价值，以及结合其他组学技术进行肿瘤微环境研究和新型诊疗标志物发现的研究模式。

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研究背景

乳腺癌在形态学和分子水平上都存在瘤间异质性。代谢研究分析了2509例乳腺癌的体细胞突变、拷贝数改变和基因表达，并揭示了它们比以前所知的更具异质性，有10种临床上不同的亚型(1)。肿瘤异质性沿着两个轴发展：时间和空间。发生在同一肿瘤的不同区域的异质性被称为肿瘤内或空间异质性(2)，这种空间异质性可能是肿瘤治疗反应不佳的原因。时间异质性是指随着时间的推移，遗传多样性的程度不断增加。在乳腺癌中，这发生在三个转变过程中：原位癌到浸润性乳腺癌；原发性浸润性癌的演变；以及从原发性乳腺癌进展到转移性乳腺癌(3)。许多研究报道了导管癌主要克隆丰度的变化原位到浸润性导管癌，以及从原发癌到转移癌(4–9)。循环肿瘤细胞(CTC)被认为是最早可检测到的具有转移潜能的细胞；然而，由于空间和时间的异质性，CTC不能代表整个肿瘤。此外，全身性治疗在亚克隆细胞群上诱导影响肿瘤进展的选择压力(10)。与最初的诊断样品相比，治疗后的肿瘤在组成和行为上可能显著不同(11, 12)。

三阴性乳腺癌（TNBC，雌激素、孕酮和 HER2 受体表达阴性）是诊断时经常观察到转移的最侵袭性亚型之一，TNBC可以进一步分为多个亚类。TNBC具有显著的肿瘤内异质性、高突变负荷和广泛的基因组改变（13-16）。它们通常具有明显的免疫细胞浸润。一般来说，肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的存在与良好的生存结局有关，尽管特定的亚群由于其抑制其他TIL的抗肿瘤功能的能力而与较差的生存率有关（17）。

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研究目的

研究者之前使用高分辨率拷贝数分析对乳腺癌患者的CTC进行了表征（18）。研究者确定了在CTC中反复获得的90个基因组区域的特征基因集，这些基因大多数区域位于19号染色体上。目标是确定肿瘤细胞与CTC在患者原发性肿瘤和转移，治疗前后的比例;并识别这些区域中可能与转移过程相关的驱动基因。此外，鉴于肿瘤内异质性在乳腺癌中的重要性，以及癌症免疫治疗的重要性日益增加，研究者的第二个目标是研究TNBC中的肿瘤异质性（通过多光谱FISH和多重免疫荧光评估）是否与TIL浸润程度和总生存率相关。

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实验设计

研究者选取原发性肿瘤及转移性肿瘤病例，利用多光谱FISH 分析、MxIF 等技术揭示了遗传亚克隆的功能潜力，这些亚克隆包含异质性原发性乳腺癌，并被选择用于CTC和治疗后乳腺癌转移。此外，他们揭示了肿瘤微环境中肿瘤异质性和宿主免疫反应之间的关系。

肿瘤异质性评价

肿瘤免疫微环境评价--单细胞空间蛋白质组分析（MxIF技术）