2022.5.25 FreeSurfer入门练习：Recon-all

2022.5.25 FreeSurfer入门练习：Recon-all

参考资料：https://andysbrainbook.readthedocs.io/en/latest/FreeSurfer/FS_ShortCourse/FS_03_ReconAll.html

FreeSurfer Tutorial #3: Recon-all

recon- all指令介绍：
从解剖图像中剥离头骨以生成数据集（brainmask.mgz.）任何作为三维体积输出的文件都存储在名为 mri 的文件夹中。 Recon-all 然后估计两个半球的白质和灰质之间的界面位置，这些表面估计存储在名为 lh.orig 和 rh.orig 的文件中。数据集中的每一个都可以被视为一个表面，或者使用 freeview 在原始 3D 体积上查看。

实操
预处理：

 export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer/7.2.0
 export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

output:

-------- freesurfer-darwin-macOS-7.2.0-20210713-aa8f76b --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME   /Applications/freesurfer/7.2.0
FSFAST_HOME       /Applications/freesurfer/7.2.0/fsfast