代谢组数据分析五：功能分析

代谢组数据分析五：功能分析

代谢物富集分析概述

代谢物富集分析是一种生物信息学方法，其核心目的是解析特定生物样本中差异表达的代谢物是否显著富集于特定的代谢通路（pathway）上。这一分析基于一个关键前提，即代谢物通路中包含了基因、催化酶和代谢物等上下游关系的先验知识。通过将关注的代谢物与已知的代谢通路进行比对，并利用如超级几何分析等数学方法，可以计算这些差异表达的代谢物是否能够对代谢通路产生显著影响。

分析原理

在生物研究中，单一差异代谢物对特定通路的解释力可能较弱，但当同一通路上的多个代谢物共同显示出差异表达时，这一通路的变化就得到了较为稳健的证据支持。这种逻辑在生物学、医学及相关领域中普遍存在，并被广泛运用于各种生物标志物的发现和机制研究中。

应用背景

代谢组服务公司通常基于质谱技术提供的代谢组数据，以质谱峰强度（intensity）作为代谢物相对表达量的指标。然而，这些数据在用于富集分析之前，需要经过一系列的前处理步骤，如数据清洗、标准化和归一化等。本次分析使用的是已经经过这些前处理步骤的数据。

分析流程

1. 数据准备：使用代谢组服务公司提供的、已经过前处理的代谢组数据。
2. 代谢物比对：将差异表达的代谢物与已知的代谢通路进行比对，确定这些代谢物在哪些通路上有所分布。
3. 富集分析&#x