代谢组数据分析四：差异分析

代谢组数据分析四：差异分析

代谢组差异分析是代谢组学研究中不可或缺的一环，其目的在于通过比较不同组别间的代谢物表达水平，筛选出具有显著差异的代谢物标记物。这些标记物能够作为生物体生理或病理状态的重要指示，为疾病的诊断、治疗和预防提供有价值的线索。

在代谢组差异分析中，常用的方法包括以下几种：

• 倍数变化法 (Fold Change)：倍数变化法是一种直接计算组间代谢物浓度差异的方法。它通过计算两个组别之间代谢物浓度的比值（Fold Change）来评估代谢物表达水平的变化。为了更直观地表示这种变化，还可以采用基于log2的Fold Change，即计算log2(Fold Change)值。这种方法简单易行，能够直接反映代谢物在不同组别间的差异程度。

• T检验：T检验是一种统计假设检验方法，用于比较两组间均值是否存在显著差异。在代谢组差异分析中，T检验常用于比较两个组别之间代谢物表达水平的均值差异。通过计算t统计量及其对应的p值，可以评估代谢物表达水平在不同组别间是否存在统计学上的显著差异。

• PLS-DA或OPLS-DA的VIP (Variable Importance for the Projection)：PLS-DA（偏最小二乘判别分析）和OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析）是两种有监督的降维和分类方法，在代谢组学研究中常用于区分不同组别并筛选差异代谢物。VIP是一种评估代