代谢组数据分析（四）：多种差异分析方法筛选代谢物标记物

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分类专栏： 代谢组数据分析 文章标签： 数据分析 r语言 数据挖掘 数据可视化
于 2024-04-28 19:54:05 首次发布
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本文详细介绍了代谢组学中常用的差异分析方法，包括倍数变化法、T检验、VIP值在OPLS-DA中的应用。通过这些方法，研究者能够筛选出在不同组别间具有显著差异的代谢物，为疾病诊断和治疗提供线索。文章还提供了一个整合的R函数run_metabolomeDA，便于研究人员进行一站式差异分析，并展示了如何生成火山图来可视化结果。

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介绍

代谢组差异分析是代谢组学研究中不可或缺的一环，其目的在于通过比较不同组别间的代谢物表达水平，筛选出具有显著差异的代谢物标记物。这些标记物能够作为生物体生理或病理状态的重要指示，为疾病的诊断、治疗和预防提供有价值的线索。

在代谢组差异分析中，常用的方法包括以下几种：

  • 倍数变化法 (Fold Change)：倍数变化法是一种直接计算组间代谢物浓度差异的方法。它通过计算两个组别之间代谢物浓度的比值（Fold Change）来评估代谢物表达水平的变化。为了更直观地表示这种变化，还可以采用基于log2的Fold Change，即计算log2(Fold Change)值。这种方法简单易行，能够直接反映代谢物在不同组别间的差异程度。

  • T检验：T检验是一种统计假设检验方法，用于比较两组间均值是否存在显著差异。在代谢组差异分析中，T检验常用于比较两个组别之间代谢物

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代谢组数据分析（三）：代谢组降维分析
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本文详细介绍了代谢组学中常用的降维分析方法，包括PCA、PLS-DA和OPLS-DA。PCA通过线性变换降低数据维度，便于数据可视化和异常值检测；PLS-DA是一种有监督的模式识别方法，适用于分类和预测；OPLS-DA通过正交分解避免过拟合，更准确地筛选差异代谢物。降维分析在揭示样本间差异和发现生物标志物方面具有重要意义
代谢组数据分析（十三）：评估影响代谢物的重要临床指标
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通过相关性分析、线性回归以及方差分解方法，评估影响代谢物的重要临床指标。从分析结果可知，Liver fat 与 Chem_1000009181、Chem_100010917 不仅显著相关，线性回归的方差分解结果还显示 Liver fat 对这两个代谢物具有重要性得分。同时，这两个代谢物对人体临床指标虽 p 值大于 0.05，但解释变异性较高。综合来看，代谢物 Chem_1000009181 和 Chem_100010917 在 Liver fat 相关研究中或具重要性，它们与 Liver fat 关联紧密，
代谢组学数据处理方法——主成分分析.pdf
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生信学习笔记1：学习如何用OPLS-DA分析代谢组数据（从入门到掌握）
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正交偏最小二乘法是PLS的一个变体，它增加了一个正交滤波器，用于去除预测变量和响应变量之间不相关的变异。OPLS的关键优势在于它能够区分预测变量中与响应变量相关和不相关的变异。通过这种分离，OPLS可以提供更清晰的模型，使解释和分析结果变得更加简单。
浅析代谢组学最常用到的数据分析方法 图形详解pca pls-da opls-da
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与PLS相比，OPLS根据数据集Y的差异将数据集X的差异分为两个部分，第一部分代表与Y相关的差异, 第二部分代表与Y不相关 (正交垂直)的差异，OPLS-DA可将这两部分差异进行区分，控制与Y正交或者无关的X的变化并加以滤除。代谢组学分析数据用于统计分析时，数据集通常为一个N × K的矩阵（X矩阵），N表示N个样本数，每一行代表一个样品， K表示K个变量，每一列代表一个变量，在代谢组学中变量通常是指代谢物含量。数据集X总会含有一些与研究无关的干扰信号，如人的生活方式，植物的生长环境或检测仪器的噪音干扰等。
代谢组 转录组和蛋白组分别使用什么差异分析方法？为什么不可以使用相同的方法？
生信小博士的博客
07-08 2165
转录组研究基因表达水平的差异，代谢组研究代谢物的相对丰度差异，蛋白组研究蛋白质表达水平的差异。蛋白组学的差异分析方法则有一些不同的特点。模型验证 permutation Test 图的横坐标表示模型的准确率，纵坐标表示200次 permutation Test 中200个模型的准确率的频数，箭头表示本OPLS-DA模型准确率所在的位置。其中R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率， Q2表示模型的预测能力，理论上R2、Q2数值越接近1说明模型越好，越低说明模型的拟合准确性越差。
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【代码】R语言 ggplot绘制比较上下调差异代谢物条形图。
代谢组学结果在线分析：不同组差异代谢物高级韦恩图Venn的绘制——UpSet图
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其样品主要是尿液，血浆或血清，脑脊液，唾液，以及细胞，组织，粪便及肠道内容物。当然，植物，真菌，微生物，土壤，以及比较特殊的样本如淋巴液，羊水，卵泡液，膝盖滑液，眼泪，精液等，都可以作为代谢组学的检测对象。比如组间差异比较小，组内差异比较大时，用PLS-DA的VIP筛选出的可能是组内差异变量，容易误导，而OPLS-DA则优于PLS-DA，可更准确地筛选出组间差异。，一般建议植物，微生物设计6-8个平行样品，模式动物设计10个左右平行样品，临床标本设计20-30例平行样品（所有样品当然越多越好）。
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代谢组学富集分析kegg 功能富集MetaboAnalystR（R包 METABOSIGNAL ）
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代谢产物差异分析 | 生信菜鸟团使用MetaboDiff包分析非靶向代谢组数据 - 简书最近手里有个非靶向代谢组的数据，通过学习MetaboDiff包来熟悉代谢组分析的思路和流程，接下来的流程来自于MetaboDiff包官方帮助文档。
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