scFEA,比单纯代谢通路基因集打分具有更高的可信度。这个方法十分轻量,比较推荐seurat走完标准流程后,输出表达矩阵,在线网站分析scFLUX。将结果文件下载,写入到seurat metadata中,借助seurat的画图功能展示结果。(参照tutorial 2scFLUX)
2022-11-26更新 上传文件至web基本会因为网络问题失败。还是用package吧。按照教程安装即可。注意需要将自己的表达矩阵复制到git clone的input文件夹。
python src/scFEA.py --data_dir data --input_dir input \
--test_file metabolism_exp.csv \
--moduleGene_file module_gene_m168.csv \
--stoichiometry_matrix cmMat_c70_m168.csv