代谢组学通路富集分析

最新推荐文章于 2024-05-08 01:13:08 发布
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rm(list = ls())
library(ggplot2)
library(readxl)
pathway = read_xlsx("/Users/wangchen/Desktop/Statistics/GCMS/5代谢通路分析/pathway.xlsx")

pp=ggplot(pathway,aes(Impact,PathwayTerm))

#正式画图并添加size和color的参数

pbubble=pp+geom_point(aes(size=Number,color=P_value))

#添加颜色的变化

pbubble+scale_colour_gradient(low="green",high="red")
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代谢组数据分析五：功能分析
H20230717的博客
04-28 488
代谢物通路包含了基因、催化酶或代谢物等上下游关系的先验知识，通过将关心的代谢物比对到通路上，再根据如超级几何分析等数学方法计算受影响的代谢物是否能够影响通路。代谢物富集分析的目的是为了解析某些差异代谢物是否落在某些pathway上（可简单理解为单个差异代谢物解释pathway较弱，同一pathway的代谢物共同解释该通路变化则证据较为robust，在很多生物领域均存在类似的处理逻辑），进而影响pathway的功能。基于pathway可分析代谢物的上下游基因或酶等影响，最终阐明作用机制。
代谢组学富集分析kegg 功能富集MetaboAnalystR（R包 METABOSIGNAL ）
生信小博士的博客
07-06 4215
代谢产物差异分析 | 生信菜鸟团使用MetaboDiff包分析非靶向代谢组数据 - 简书最近手里有个非靶向代谢组的数据，通过学习MetaboDiff包来熟悉代谢组分析的思路和流程，接下来的流程来自于MetaboDiff包官方帮助文档。
metPath:代谢组学数据的途径富集
03-04
metPath 关于 metPath是一个R包，用于对脂质组学数据进行绝对定量。 安装 您可以从安装metPath 。 if ( ! require( devtools )){ install.packages( " devtools " ) } devtools :: install_github( " jaspershen/metPath " ) 用法 请参阅“页面以获取metPath的说明。 需要帮忙？ 如果您有任何quesitions metPath ，请不要犹豫，给我发电子邮件（ ）。 引文 如果您在出版物中使用metPath，请引用该出版物： X.Shen，R.Wang，X.Xiong，Y.Yin，Y.Cai，Z.Ma，N.Liu和Z.-J. Zhu *（通讯作者），基于代谢React网络的非目标代谢组学的递归代谢物注释，Nature Communications，20
生信分析代谢通路可视化分析R工具包ggkegg的使用案例_怎么用r包对多个代谢物进行kegg通路分析
最新发布
2301_78146994的博客
05-08 353
最近很多小伙伴找我要Linux学习资料，于是我翻箱倒柜，整理了一些优质资源，涵盖视频、电子书、PPT等共享给大家！最近很多小伙伴找我要Linux学习资料，于是我翻箱倒柜，整理了一些优质资源，涵盖视频、电子书、PPT等共享给大家！
信号通路怎么读_奥利给~~代谢通路富集分析原来还可以这么做？
weixin_29473667的博客
01-03 1135
近几十年，系统生物学慢慢走近科研者的视野，主要着眼于研究细胞信号转导、基因调控网络和生物系统的组成。多组学联合分析可以由表及里，解析直接原因和根本原因，深入阐释作用机理。在多组学的联合应用中，最终都要落脚到功能注释和通路富集分析，其中基于通路富集分析的图形展示丰富多样，通过此分析可找到与研究相关的通路、关键基因/代谢物，以便进行后续的数据挖掘。小鹿在往期文章中，向大家推荐过一个代谢组学分析工具Me...
非靶向代谢组学数据分析方法总结
热门推荐
FanJin的博客
04-30 5万+
生物信息学早已不再局限于基因组学领域了，后基因组学越来越受到关注，并且这几年“多组学”的也研究越来越多。其中，代谢组学是相对比较年轻的一门学科，“代谢组”（metabolome）的概念于1998第一次被提出。基因组学和转录组学是生物信息的上游，更多的体现的是生物活动的内在本质因素，而代谢组学是生物信息的最下游，体现的是生物活动的表型结果。代谢组学分为靶向代谢组学和非靶向代谢组学，本文将结合本人的经...
生物信息学数据分析kegg
04-04
1. **富集分析（Enrichment Analysis）**：通过对基因或化合物集合进行KEGG途径富集，可以发现这些分子参与的生物学过程，揭示实验结果背后的生物学意义。 2. **通路映射（Pathway Mapping）**：将高通量数据中的...
基于GC-MS的迟缓爱德华氏菌EIB202代谢组学的研究
01-02
基于GC-MS的迟缓爱德华氏菌EIB202代谢组学的研究，韩轶，李惠，通过气相色谱-质谱技术（GC-MS）分析迟缓爱德华氏菌EIB202中的内源代谢物，并对这些代谢物进行分类和通路富集。结果表明，所检测到的
生物信息学
09-19
在实际应用中，生物信息学涵盖了多个数据库和工具，如NCBI的GenBank存储全球基因序列，UniProt提供蛋白质信息，KEGG则描绘了代谢通路和生物途径。此外，还有R语言中的Bioconductor项目，提供了大量用于生物数据分析...
PPAR-γ基因对脂质代谢调控机制的生物信息学分析 (2009年)
05-17
研究基于TRANSFAC数据库信息，利用MEME/MAST方法对PPAR-γ进行全基因组范围的靶基因生物信息学定位，并对获得的靶基因进行了GO和KEGG分析，探讨PPAR-γ基因对脂质代谢影响的分子机理。结果表明，PPAR-γ靶基因显著...
ocean:R包用于代谢酶富集分析
03-19
海洋 R包用于代谢酶富集分析 概述 代谢组学数据集所包含的功能洞察力目前尚未得到充分利用。这部分是由于代谢React网络的复杂性以及React通量和代谢物丰度之间的间接关系。然而，基于足迹的方法已经在数十种其他眼科数据集（如转录组和磷酸化蛋白质组学）的背景下可用。在这里，我们介绍ocEAn，该方法可从recon2React网络的简化精简版本中定义代谢酶的足迹，并以与激酶底物相同的方式，使用它们来探索代谢物丰度相对于代谢酶的相对位置的协调失调。和TF-targets富集分析。 教程 安装软件包（从github使用devtools）： # # If needed instal devtool package install.packages( " devtools " ) # # instal COSMOS library( devtools ) install_github( " saez
基于R的meta分析使用 MetaPhlAn 与HUMAnN 3.0 的 CRC 数据集.zip
03-28
6. **富集分析**：识别在CRC患者中显著富集或减少的微生物种类和代谢通路。 通过这个项目，你可以学习到如何使用R语言进行完整的meta分析流程，并结合MetaPhlAn和HUMAnN 3.0这两个强大的生物信息学工具，深入探究...
生信分析代谢通路可视化分析R工具包ggkegg的使用案例
zrc_xiaoguo的博客
12-20 1604
在此示例中，我们突出显示了由其 LFC 着色的有效边 （KO），点大小对应于网络中的度数，并显示了有效 KO 名称的边缘标签。首先，我们加载必要的数据，这些数据可以从调查 KO 的数据集中获得，这些数据是从管道中获得的，例如 .在这里，我们选择了 ，节点根据降维图中的颜色着色，两个聚类中的标记都按指定的颜色 （） 着色。下面的示例将类似的反射应用于原始 KEGG 图谱，并突出显示在两种条件下都显示出统计学显着变化的基因，使用黄色外光，由 clusterProfiler 生成的组成，富集结果为。
多组学整合，快速定位关键代谢通路，解析分子机制
SHANGHAILINGEN的博客
11-10 211
近年来，多组学研究的不断发展和持续火热，越来越多的研究者开始将微生物组学和代谢组学联合起来。
生信学习之通路富集一（GO分析）
coffeeii的博客
04-25 3万+
生信学习之通路富集（一）
基因组代谢网络（GEMS）与全基因组模型从入门到实践系列-----（1）模型构建环境的布置
微生物系统进化
07-27 1万+
0 前言说明 本系列内容说明： 本系列是针对生物研究中的模型种类进行分析介绍，作为**微生物群落相互建模系列的组成一部分。分阶段的介绍代谢网络模型从入门的环境的搭建，到指导实际实验过程全流程分享。探讨基于现有生物模型对群落中的相互作用方式进行探究挖掘不同微生物间的进化**关系。 系列的目录文章地址：https://blog.csdn.net/qq_33980829/article/details/118958463 系列目的： 前期学习中网上缺少相关文章、文献、资料对生物模型的应用从基础到实践的进行总结。
富集分析，看完这篇就够
APExBIO的博客
11-04 1万+
到底什么是富集分析，它又是用来做什么的，以及富集分析的结果要怎么查看。今天小编就通过自问自答的方式给大家一起科普一下。
单细胞测序流程（十）单细胞的kegg富集分析和圈图（终章）
qq_45478665的博客
07-23 1万+
系列文章目录 文章目录 单细胞测序流程（一）简介与数据下载 单细胞测序流程（二）数据整理 单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图 单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA 单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因 单细胞测序流程（六）单细胞的细胞类型的注释 单细胞测序流程（七）单细胞的细胞类型轨迹分析单细胞测序流程（八）单细胞的marker基因转化和​GO富集分析 单细胞测序流程（九）单细胞的GO圈图
代谢物kegg富集分析
04-05
KEGG代谢物富集分析是一种常用的生物信息学方法，用于研究代谢通路的富集情况，以揭示代谢通路在不同条件下的变化。该方法基于KEGG数据库中的代谢通路信息和代谢物注释信息，通过对不同条件下的代谢物列表进行分析，确定哪些代谢通路或代谢物类别在该条件下富集或贫化。 KEGG代谢物富集分析通常包括以下步骤： 1. 收集代谢物列表：根据实验条件或差异分析结果，收集不同样本之间的代谢物列表。 2. 进行富集分析：将代谢物列表与KEGG数据库中的代谢通路和代谢物注释信息进行比对，确定哪些代谢通路或代谢物类别在该条件下富集或贫化。 3. 分析结果可视化：将富集分析结果进行可视化，如绘制热图、柱状图等，以便进一步分析和解释。 KEGG代谢物富集分析可以帮助研究人员更好地理解代谢通路在生物过程中的作用和调控机制，为相关疾病的治疗提供新的思路和策略。

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