工具：Quarto学习笔记

生信学习者2

已于 2024-06-30 15:49:26 修改

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分类专栏：其他文章标签：学习笔记

于 2024-05-10 14:19:23 首次发布

原文链接：https://djhcod.github.io/Quarto-foundation.github.io/

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Quarto学习笔记

来自杜俊宏的笔记

1 前言
2 快捷键
3页面样式设置
4 代码块设置
5 图片设置
6 交叉引用
7插入参考文献
8插入Callouts
9插入在线视频
10 输出
11 发布到GitHubPages

本教程网址：https://djhcod.github.io/Quarto-foundation.github.io/。

前言

Quarto是一个支持多种编程语言的新一代R
Markdown，拥有数十个新的特性和功能，同时能够兼容和渲染大多数现有的RMD文件，而无需额外修改。目前，Quarto还处于起步和不断发展的阶段，针对其的学习资源还十分有限，尤其是中文资源更加匮乏，因此才有了汇总和编写这篇学习笔记的动机。这篇学习笔记主要参考了Quarto的官方指南，并提取了其中我认为在将来的编写中会经常使用的技巧并加以汇总。这篇文档即全程采用Quarto编写。

Quarto主要由三大部分组成：metadata, text, 和
code。其中metadata是文档开头写在”—“之间的句子，它采用的是YAML语法，所以有时候也别叫做YAML
metadata 或者 the YAML
frontmatter。YAML定义了Quarto的性质，比如title、author、date、指定output文件类型等。在YAML
metadata中采用正确的缩进十分重要。

Note

有关Quarto的详细信息，参考：https://quarto.org.

快捷键

插入代码块：Option+Command+I（macOS）；Ctrl+Alt+I（Windows）。
插入各类对象：Command+/；或者当光标位于新的一行开头时，直接输入/。

页面样式设置

更改标题栏的样式

Tip

有关标题栏的详细指南，参考：https://quarto.org/docs/authoring/title-blocks.html。

打开标题栏的横幅：

---
format: 
  html:
    title-block-banner: true
---

自定义标题栏的背景。既可以自定义背景颜色，也可以将图片作为标题栏的背景。可以通过title-block-banner-color来自定义标题文字的颜色。

---
# title-block-banner: "#FFDDFF"
title-block-banner: images/banner.jpeg
title-block-banner-color: "black"
---

更改日期格式

通过date添加文档的发行日期，通过date-modified添加文档的修改日期，通过date-format修改日期格式。其中，date的默认标签为”PUBLISHED
DATE”，可以通过published-title来修改默认标签，如：published-title: 写作日期。下面是一个典型的日期定义语法：

{r}
---
title: Quarto基础
author: 杜俊宏
date: 2023/11/10
date-modified: now
date-format: "YYYY[年]M[月]D[日] HH:mm"
---

Tip

关于日期的详细指南，详见：https://quarto.org/docs/reference/dates.html。

日期既可以手动添加，如”2023/11/10”，也可以自动生成日期。下面是自动生成不同日期格式的关键词：

关键词	效果
`today`	2023年11月11日
`now`	2023年11月11日 19:01
`last-modified`	The last modified date and time of the input file containing the date.

表 1：自动生成日期

date-format通过以下关键词来定义日期格式：

Style	Description	Example
`full`	A full date that includes the weekday name	Monday, March 7, 2005
`long`	A long date that includes a wide month name	March 7, 2005
`medium`	A medium date	Mar 7, 2005
`short`	A short date with a numeric month	3/7/05
`iso`	A short date in ISO format	2005-03-07

表 2：定义日期格式

也可以通过以下语法更加灵活的定义日期格式：

ormat String	Output	Description
`YY`	18	Two-digit year
`YYYY`	2018	四位数年份
`M`	1-12	The month, beginning at 1
`MM`	01-12	两位数月份
`MMM`	Jan-Dec	The abbreviated month name
`MMMM`	January-December	The full month name
`D`	1-31	The day of the month
`DD`	01-31	两位数日期
`d`	0-6	The day of the week, with Sunday as 0
`dd`	Su-Sa	The min name of the day of the week
`ddd`	Sun-Sat	The short name of the day of the week
`dddd`	Sunday-Saturday	The name of the day of the week
`H`	0-23	The hour
`HH`	00-23	两位数小时，24小时制
`h`	1-12	The hour, 12-hour clock
`hh`	01-12	The hour, 12-hour clock, 2-digits
`m`	0-59	The minute
`mm`	00-59	两位数分钟
`s`	0-59	The second
`ss`	00-59	The second, 2-digits
`SSS`	000-999	The millisecond, 3-digits
`Z`	+05:00	The offset from UTC, ±HH:mm
`A`	AM PM
`a`	am pm
`Do`	1st 2nd … 31st	Day of Month with ordinal

表 3：自由定义日期格式

可以通过”[]“添加自定义字符。通过这些语法，可以定制符合中文的日期格式，如：date-format: "YYYY[年]M[月]D[日] HH:mm"

代码块设置

全局设置

eval：设置为false时只显示代码，不运行。默认为true。
echo：设置为false时在输出文件中不显示代码，仅显示代码的运行结果。设置为fenced，会将代码块的设置，即”#|“符号后的内容，也展示出来。图 1
这个代码块就用了echo: fenced这个设定，可以看一下效果。默认为true。
output：设置为false时，只运行代码不显示运行结果。默认为true。
warning：是否显示代码运行的警告信息。默认为true。
freeze：在重新导出文档时是否冻结此前已经运行的结果。设置为true，则每次导出时不会再此运行此前已经得到运行结果的代码块。设置为auto，则仅在源文件发生更改时才重新计算以前生成的计算结果。默认为false。
code-fold: 是否折叠代码（适用于HTML渲染）。
code-tools: 是否在网页右上角显示代码工具（适用于HTML渲染）。
code-link:
是否自动为函数加上超链接（适用于HTML渲染）。该功能基于downlit包，可以自动为识别到的函数加上一个链接到官方文档的超链接。

---
title: "Quarto Computations"
execute:
    eval: false
    warning: false
format:
  html:
    code-fold: true
    code-tools: true
---

单独设置每个代码块

基本语法和全剧设置一致，只不过需要在每个参数前加上”#|“符号。

可以在代码块的开头添加label和caption参数，这样在交叉引用时就会显示该标签。详见
章节 6 。

```{r}
#| eval: true
#| label: fig-箱型图
#| fig-cap: 1到100的箱型图
boxplot(1:100)
```

代码块图片输出设置

lable：图片标签。
fig-cap：图片标题（caption）。fig-cap和lable共同用于图片的交叉引用，详见
章节 6。
fig-width：图片的宽度。
fig-height：图片的高度。

其他设置包括fig-align、fig-cap-location等，见
章节 5。

```{r}
#| eval: true
#| label: fig-散点图
#| fig-cap: "38种流行车型的城市和高速公路里程"
#| fig-width: 6
#| fig-height: 3.5
library(ggplot2)
ggplot(mpg, aes(x = hwy, y = cty, color = cyl)) +
  geom_point(alpha = 0.5, size = 2) +
  scale_color_viridis_c() +
  theme_minimal()
```

代码块组图输出设置

label：组图的标签

fig-cap：每张图的标题。通过”-“符号分别设置。效果如下所示：

```{r}
#| eval: true
#| layout-ncol: 2
#| label: fig-组图输出
#| fig-cap:
#|   - "车辆的速度和停车距离"
#|   - "汽压与温度的关系"

plot(cars)
plot(pressure)
```

在这里插入图片描述

fig-subcap：每张图以小标题进行标注，如”(a) sub caption”、“(b) sub
caption”。效果如下所示：

```{r}
#| eval: true
#| label: fig-小标题组图输出
#| fig-cap: "小标题组图输出"
#| fig-subcap:
#|   - "汽车"
#|   - "压力"
#| layout-ncol: 2

plot(cars)
plot(pressure)
```

在这里插入图片描述

小标题组图输出

layout-ncol和layout-nrow：设置组图的行和列分别排多少张图片。如layout-ncol: "2"。

用`layout`进行复杂排版

layout属性是一个二维数组，其中第一维定义行，第二维定义列。如layout: "[[1，1]，[1]]表示：创建两行，第一行有两列大小相等的列，第二行只有一列。

```{r}
#| eval: true
#| label: fig-输出复杂排版图片
#| fig-cap: 复杂排版组图输出
#| fig-subcap:
#|   - 汽车
#|   - 压力
#|   - mtcars
#| layout: [[1], [1, 1]]

plot(cars)
plot(pressure)
plot(mtcars)
```

在这里插入图片描述

复杂排版组图输出

layout后的”[]“中的数字大小表示各个图像的相对大小。所以可以用任何值来自定义：

```{r}
#| eval: true
#| label: fig-输出复杂排版图片2
#| fig-cap: 复杂排版组图输出2
#| fig-subcap:
#|   - 汽车
#|   - 压力
#|   - mtcars
#| layout: [[100], [30, 70]]

plot(cars)
plot(pressure)
plot(mtcars)
```

在这里插入图片描述

复杂排版组图输出2

如果我们输入负数，如下面的”-10”，则会在两个图之间加上相应的间距：

```{r}
#| eval: true
#| label: fig-输出复杂排版图片3
#| fig-cap: 复杂排版组图输出3
#| fig-subcap:
#|   - 汽车
#|   - 压力
#|   - mtcars
#| layout: [[45,-10, 45], [100]]

plot(cars)
plot(pressure)
plot(mtcars)
```

在这里插入图片描述

复杂排版组图输出3

图片设置

图片可以通过复制粘贴直接插入，Quarto定义图像的基本语法是：

![Example for cross reference](images/crossref-figure.png){#fig-elephant width="290"}。

其中，方括号内的是对象的caption，小括号内是对象的本地链接，“{}”内的内容是图像的label以及其他可选设置，各参数间用空格进行分割。常用的图像设置如下：

width和height：图像的宽、高。默认单位为像素。
fig-align：图片的对齐方式，如”left”，“right”。建议在YAML中进行全局设置：
```
---
title: "My Document"
format:
  pdf:
    fig-pos: 'h'
---
```
fig-cap-location：图片标题的位置（默认在图片底部）。可选的值包括：

Value Description
top Position the caption above the figure.
bottom Position the caption below the figure.
margin Position the caption in the margin.
建议将其添加到YAML中，以便统一文稿的样式：
```
---
title: "My Document"
format:
  pdf:
    fig-pos: 'h'
    fig-cap-location: top
---
```

Value	Description
`top`	Position the caption above the figure.
`bottom`	Position the caption below the figure.
`margin`	Position the caption in the margin.

Tip

在YAML中可以分别设置图片和表格的标题以及参考文献、脚注的位置。其语法如下：

表 4：设置图、表的标题
Option	Description
`reference-location`	Where to place footnotes. Defaults to `document`. [`document` \| `section` \| `block` \| `margin` ]
`citation-location`	Where to place citations. Defaults to `document`. [`document` \| `margin` ]
`cap-location`	Where to place figure and table captions. Defaults to `bottom` for figures and `top` for tables. \| [`top` \| `bottom` \| `margin`]
`fig-cap-location`	Where to place figure captions. Defaults to `bottom`. [`top` \| `bottom` \| `margin`]
`tbl-cap-location`	Where to place table captions. Defaults to `top`. [`top` \| `bottom` \| `margin`]

表 4：设置图、表的标题

可以在小括号内添加超链接，如[![Elephant](elephant.png)](https://en.wikipedia.org/wiki/Elephant)，当点击该图像时会跳转该网站。
caption和label的设置会使该图像能够被交叉引用（详见
章节 6 ）。
.column-page：让图片以整个文档的宽度展示。需要首先建立一个Pandoc
Div块（图 16）。然后在Pandoc
Div块的参数项内填上{.column-page}。如下所示：
```
:::{.column-page}
![](images/elephant.jpg)
:::
```
这样这张图片就会以文档最大宽度显示：

在这里插入图片描述

Note

应用于代码块时为：#| column: page

.column-screen：让图片占满整个网页的宽度。应用于代码块时为：#| column: screen。

在这里插入图片描述

column-screen-inset-shaded：让图片以整个文档的宽度展示，但是在后方加上一个网页宽度的阴影。应用于代码块时为：#| column: screen-inset-shaded。

在这里插入图片描述

组图的设置

要容纳和排版组图，需要首先建立一个Pandoc Div块（图 16）。

Div块的图像排版基本语法如下：

“{}”内为组图的label、排版设置。
在所有图片最后可输入组图的标题，如上面的”交叉引用的设置”。

设置图片的排版方式。

layout-ncol和layout-nrow：设置组图的行和列分别排多少张图片。如::: {layout-ncol="2"}。

在这里插入图片描述

`Layout`复杂排版

其基本语法和章节 4.3.1
一致。不同点在于需要在Div块开头的”{}“内设置，同时layout后要接”=“，同时要注意加引号，例如：layout="[[1，1]，[1]]"。通过设置layout可以完成对多图的复杂排版。layout属性是一个二维数组，其中第一维定义行，第二维定义列。layout="[[1，1]，[1]]"表示：创建两行，第一行有两列大小相等的列，第二行只有一列。

在这里插入图片描述

Note

关于图片的详细指南，参考：https://quarto.org/docs/authoring/figures.html。

交叉引用

如果要使用交叉引用，则每个待引用对象需要有以下两个元素：

label：标签。必须以类型为前缀，如#fig-1、#tbl-1、#fig-boxplot。同时，标签名不能重复。
caption：对内容的描述。

拥有了这两个元素的对象会被自动加上序号，如Figure 1，并可以被交叉引用。
可引用的对象包括：图表、公式、章节、代码和定理等。注意在交叉引用时要在两端加上空格。

Tip

有关交叉引用的详细指南，参考：https://quarto.org/docs/authoring/cross-references.html。

标题/节的交叉引用

只需通过sec-定义label，基本语法：Introduction
{#sec-introduction}。注意：要使用节的引用，需要在YAML开启标题编号（number-sections: true），以便读者能够看到这些编号。

图片的交叉引用

实现的方法：

方法一：在源代码模式下修改被引用对象的属性，如：![外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传](https://img-home.csdnimg.cn/images/20230724024159.png?origin_url=images%2Fcrossref-figure.png&pos_id=img-zmOYqRN7-1715321565670){#fig-elephant width="290"}。其中，方括号内的是对象的caption，小括号内是对象的本地链接，“{}”内的内容是图像的label以及其他可选设置。
方法二：点击待引用对象右上角的三个点，进入对象设置。分别输入caption和ID（即label）（图 18
)。

图 18：交叉引用的设置

例如下面的图片，可以被引用：图 19 。

组图的交叉引用

基本语法：

在这里插入图片描述

案例：

在这里插入图片描述

图 20：组图的交叉引用

现在，我们就可以将组图一起引用（图 20
），或是单独引用组图内的某一张图（图 20 (B)
，图 20 (A) ）。

表格的交叉引用

Markdown表格的引用

只需在表格后加上: My Caption {#tbl-letters}即可使该表格能够被引用。如下面的表格
表 5 。

Col1	Col2	Col3
A	B	C
E	F	G
A	G	G

表 5：表格的交叉引用示例

代码输出表格的引用

label：tbl-：表格的标签。
tbl-cap：表格的标题。
knitr包提供了一个 kable() 函数可以用来把数据框或矩阵转化成有格式的表格，
支持HTML、docx、LaTeX等格式。

```{r}
#| eval: true
#| label: tbl-iris
#| tbl-cap: "Iris数据"

library(knitr)
kable(head(iris))
```

Sepal.Length	Sepal.Width	Petal.Length	Petal.Width	Species
5.1	3.5	1.4	0.2	setosa
4.9	3.0	1.4	0.2	setosa
4.7	3.2	1.3	0.2	setosa
4.6	3.1	1.5	0.2	setosa
5.0	3.6	1.4	0.2	setosa
5.4	3.9	1.7	0.4	setosa

表 6： Iris数据

现在，就可以通过表 6 来引用该表格了。

Note

关于表格的详细指南，参考：https://quarto.org/docs/authoring/tables.html。

更改交叉引用样式

---
title: Quarto基础
crossref:
  fig-title: 图     # 图的默认标签（默认是"Figure"）
  tbl-title: 表     # 表的默认标签（默认是"Table"）
  title-delim: "—"   # “图/表”和后面的标题之间的连接符（默认是":"）
  fig-prefix: 图   # 图的默认引用样式（默认是"Figure"）
  tbl-prefix: 表    # 表的默认引用样式（默认是"Table"）
  sec-prefix: 章节 # 章节的默认引用样式（默认是“Section”）
---

还可以更改编号的类型：

---
title: Quarto基础
crossref:
  fig-labels: arabic    # 图片的编号类型（默认是阿拉伯数字：arabic)
  tbl-labels: arabic    # 表格的编号类型（默认是阿拉伯数字：arabic）
  subref-labels: alpha A # 次级引用的编号类型，如组图中的小图（默认是小写字母：alpha a）
---

可用的编号类型包括：

arabic (1, 2, 3)
roman (I, II, III, IV)
roman i (i, ii, iii, iv)
alpha x (start from letter ‘x’)
alpha X (start from letter ‘X’)

插入参考文献

在插入菜单中选择”Citation”：

在这里插入图片描述

然后通过DOI或标题检索参考文献，选择目标文献：

在这里插入图片描述

现在就会出现参考文献的交叉引用，如： (Fujii et al. 2023)
。并且会在文档最后生成参考文献列表，同时YAML中会新增参考文献的配置选项：bibliography: references.bib。同时根目录下会生成一个名为”references.bib”的参考文献配置文件。

如果想改变参考文献展示的位置，可以在YAML中设置，如：

---
citation-location: margin
---

可用的值参见表 4
。这份文档的参考文献就设置为了在页面最后展示（citation-location: document）。

Note

关于参考文献和脚注的详细指南，参考：https://quarto.org/docs/authoring/footnotes-and-citations.html。

插入Callouts

Callouts会生成一个标注框，可以用来标注重要内容：

例如：

Tip

这是一个Callouts示例。

其样式包括：

callout-note
callout-tip
callout-important
callout-caution
callout-warning

插入在线视频

通过一下语法可以在输出文档中插入可直接播放的在线视频：

{{< video https://www.youtube.com/embed/wo9vZccmqwc >}}

输出

渲染Quarto文档时，首先knitr将运行所有代码块，并创建一个新的markdown（.md）文档，其中包括源代码及其输出结果。接下来，生成的markdown文件经过pandoc（RStudio内置了pandoc）处理后，被转换成HTML、PDF或者Word等我们需要的文档格式。RStudio封装了这些操作，当我们完成Quarto编辑，点击渲染时，就会完成上述过程。

在这里插入图片描述

Pandoc支持大量的输出格式，所有这些格式都可以与Quarto一起使用。导出设置通过在YAML中使用format命令完成。关于各种导出格式的设置详见：https://quarto.org/docs/output-formats/all-formats.html。下面是导出设置的基本YAML语法：

title: "标题"
author: "杜俊宏"
format:
  html:
    toc: true
    html-math-method: katex
    css: styles.css

HTML输出

基本信息设置

可在文档开头添加的信息包括：

title
subtitle
date
date-modified
author
abstract

title: "R Markdown的基础知识"
author: "杜俊宏"
date: "创建日期：2023/11/8；最后更新日期：`r format(Sys.time(), '%Y/%m/%d %H:%M')`"

`them`：定义HTML主题

可以通过设置them参数来定义输出的HTML文档的主题。关于Quarto主题的详细说明，见：https://quarto.org/docs/output-formats/html-themes.html。

theme: default # bootstrap 5 default
theme: cosmo # cosmo bootswatch theme
theme: pandoc # pandoc default html treatment
theme: none # no theme css added to document

Quarto的HTML文档默认使用Bootstrap
5样式输出。Quarto内置了来自Bootswatch项目的25个主题。下面列出了可用的主题。关于这些主题的介绍详见：https://bootswatch.com。

个人认为比较美观、清晰的主题有：Cosmo、Flatly和Darkly。可以通过light和dark分别设置一套亮色主题和一套深色主题，如：

theme:
  light: flatly
  dark: darkly

这样，在输出的HTML网页的右上角会出现一个亮色/深色模式的切换开关。

`toc`：目录设置

toc-depth：设置目录显示的最低层级（默认为显示到3级标题）
toc-expand：在一开始目录显示到多少级，默认显示到一级标题。当向下浏览内容时目录会自动展开到toc-depth所设置的层级。设置为true时，则在一开始就展开所有目录；设置为false则在一开始折叠所有目录。
toc-title：目录的标题。
toc-location：设置目录的位置。默认在右侧（right）,可以设置为left或body（在文稿最开头显示）。

toc: true
toc-title: Contents
toc-depth: 2 
toc-expand: 2 
toc-location: left

`title-block-banner`：标题横幅设置。

title-block-banner有以下选项：

true：将标题以网页横幅的形式展示，样式为them中所选样式的默认样式。
具体颜色：如title-block-banner: "#003262"。
图片路径：如title-block-banner: images/banner.jpeg。

`number-sections`：设置标题编号

number-sections:设置为true时会给各级标题编号。默认为false。
number-depth:编号的最低标题层级。默认给所有级别的标题编号。
{.unnumbered .unlisted}：如果想要某一个标题不编号，则把这行命令粘贴到该标题后面。如”第三章{.unnumbered
.unlisted}“。

number-sections: true
number-depth: 3

`code-copy`：设置代码复制按钮

true: 总是在代码块右上角显示代码复制按钮。
false: 隐藏代码复制按钮。
hover：（默认）当鼠标移过时显示代码复制按钮。

内部与外部链接样式

anchor-sections: 设置为true时，当鼠标移到标题上时会显示anchor link。
link-external-icon：设置为true时会在外部链接上显示一个小图标。
link-external-newwindow：是否在新标签页打开外部链接。

GitHub Flavored Markdown（GFM）格式输出

我们可以将Quarto文档转换为GitHub风格的Markdown文档（GitHub Flavored
Markdown，GFM）。这可以用来生成GitHub项目的README.md文档。比如我这里直接将这个Quarto文档教程完整转换成了GitHub风格的markdown文件：

---
title: "My Project"
format: 
  gfm:
    identifier-prefix: readme # 标识符
    # preview-mode: raw # 查看原始markdown
    keep-yaml: true
    toc: true
    toc-depth: 1
    number-sections: true
    citation-location: document
    output-file: "README.md" # 输出文档的文件名
---

PDF输出

如果要在rmarkdown、bookdown中使用PDF输出功能，
可以在在R中安装tinytex扩展包并安装TinyTeX编译软件：

install.packages('tinytex')
tinytex::install_tinytex()

其中上面第一行命令安装R的tinytex扩展包，
第二行将下载LaTeX编译程序的服务器设置为清华大学tuna镜像站，
第三行安装LaTeX编译程序。

如果安装成功， TinyTeX软件包在MS
Windows系统中一般会安装在 C:\Users\用户名\AppData\Roaming\TinyTeX目录中，
其中”用户名”应替换成系统当前用户名。如果需要删除TinyTeX软件包，
只要直接删除那个子目录就可以。

为了判断TinyTeX是否安装成功，在RStudio中运行：

tinytex::is_tinytex()

结果应为TRUE, 出错或者结果为FALSE都说明安装不成功。

当用户使用RMarkdown和tinytex包转换latex并编译为PDF时，
如果缺少某些latex宏包， tinytex会自动安装缺少的宏包。

发布到GitHub Pages

我们可以将我们的Quarto文档编译的HTML文档发布到GitHub
Pages中形成一个可以被其他人访问的网页。下面是具体实现方法。

在GitHub首页创建一个新的仓库。
给这个仓库起个名字。

在这里插入图片描述

<div>

> **Caution**
>
> 为了使这个项目能够创建网页，仓库的名字的后缀必须是".github.io"。

</div>

添加仓库的描述，这些描述会被添加到README.md文档中，选择仓库的权限为公开，创建README文件，并选择一个license。
现在，我们就可以看到这个仓库就被建立了，我们们勾选的README文档和license文档出现在列表中。然后我们点击设置按钮。
点击左侧导航栏的"Pages"选项，然后将我们的GitHub
Pages的创建来源选择为根目录。
现在我们就可以开始上传文件了。
需要上传的的文件至少应该包括包括一个HTML文件（文件名为index.html）和一个HTML的资源文件夹（一般我们在Quarto中编译后为一个名称为"_files”的文件夹）
Caution
- HTML文件的文件名必须为index.html，这样GItHub
  Pages才能识别这是一个用于构建网页的HTML文件。
- 用Quarto编译HTML文件后，会在根目录生成一个文件名为为"Quarto文档的文件_files”的文件夹，这个就是HTML的资源文件。
上传完文件等待一段时间后，就可以在pages的设置页面看到我们的网站已经就绪了。
点击这个网址即可访问我们建立的网页。
下一步我们可以通过章节 10.2
中的方法来创建一个更详细的README文件，这个文件最终会展示在GitHub仓库的首页上。我这里直接将这个完整的教程转换成了GitHub风格的markdown文件。

Fujii, Kouichi, Jin Kikuchi, Masatoshi Uchida, Masanari Machida, Midori
Tsuchiya, Kentaro Hayashi, Nana Maekawa, Hajime Houzumi, Arata Honda,
and Koji Wake. 2023. “Tiger Attack at a Japanese Safari Park: A Case
Report.” International Journal of Emergency Medicine 16 (1).
https://doi.org/10.1186/s12245-023-00556-3.