生信初学者教程（十七）：KEGG通路富集分析

介绍

KEGG pathway是京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，简称KEGG）中的一个子数据库，它包括了代谢、调控、通路、生化、疾病、药物等相关的分子相互作用和关系网络。

KEGG通路富集分析是一种用于分析高通量实验数据的方法，其目标是确定在实验中观察到的基因或其他实体是否集中在特定的KEGG通路中，以便推断这些通路在实验条件下是否显著富集。在生物学研究中，通过通路富集分析可以了解一组基因是否在某些已知的代谢通路、信号通路或细胞过程中显著富集，从而揭示这些基因在生物体内可能的功能和相互作用。这种分析方法通常利用KEGG等数据库提供的已知生物通路信息，结合超几何分布等方法计算给定基因集在某个通路上的P值，以判断该基因集在该通路上的富集程度是否显著。

KEGG通路富集分析在生物学研究中具有广泛的用途，主要包括以下几个方面：

1. 揭示基因功能：通过KEGG通路富集分析，研究人员可以了解一组基因在哪些已知的代谢通路、信号通路或细胞过程中显著富集。这有助于揭示这些基因在生物体内可能的功能和相互作用，为基因