BWA，Bowtie，Bowtie2的比对算法推导

踏踏实实做技术：BWA，Bowtie，Bowtie2的比对算法推导

孟浩巍​

各位老铁，各位朋友大家好！

今天给大家介绍一下BWA，Bowtie，Bowtie2比对算法的原理。

二代测序技术或者说是高通量测序技术产生的数据有几个明显的特征：1是测序数据量大，2是序列比较短，3是测序错误一般可以控制在0.1%左右。那么如何快速将这些测序数据比对到参考基因组是一个比较重要的问题。

2009年的两篇文章都是基于BWT转换算法构建了快速比对算法，即我们今天熟悉的BWA比对软件和Bowtie比对软件。在2012年的时候，Bowtie2进行了一次更新，但是核心原理基本没有改变，只是优化了下游部分的比对策略，在bowtie的基础上允许了deletion的出现。

那么，作为现在最重要的两款比对软件，他们的核心算法是什么？我看网络上用视频板演推导的视频还没有，因此我为大家录制了一期，希望各位老铁能够喜欢。

20171026-基于BWT算法的比对软件原理解析（BWA & Bowtie & Bowtie2）

bilibili.com视频

我觉得，无论生信的风口怎么吹，踏踏实实学技术，懂原理，才能立于不败之地！加油！