转录组数据比对教程 | Bowtie2

最新推荐文章于 2024-04-15 09:38:28 发布
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文章标签： 转录组 转录组数据比对 Bowtie2 reads mapped 生物信息学
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本教程详细介绍了如何使用Bowtie2进行转录组数据的比对，包括软件的安装、索引创建和比对参数设置。Bowtie2适用于50-1000bp的reads比对，产出SAM文件。内容涵盖Single End和Paired End的比对方法，以及比对参数的配置，是转录组分析的重要步骤。
摘要由CSDN通过智能技术生成

此教程原文链接：Bowtie2数据比对教程

转录组教程

1. 转录组上游分析教程[零基础(完)]

2. 一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie

3. 转录组无参比对教程 | Trinity

写在前面

随着我们教程逐渐发布，我们转录组分析系列教程也逐渐分章节开放。若你有需要，可直接查看转录组上游分析教程[零基础(完)]。

个人笔记，可能会出现一些错误！

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Bowtie2和Bwa是用于短reads的比对软件，bowtie2主要用于50-1000bp的reads进行比对，生产SAM文件。在做转录组数据分析前，会过RNA-seq数据中的tRNA等序列，常常使用bowtie2进行过滤。

Bowtie2的使用手册

Bowtie 2: （https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2

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