解决BLAST Database error: Error pre-fetching sequence data

1、背景：

下载Uniprot数据库中的蛋白质序列到本机，使用该文件创建BLAST的搜索数据库，然后使用blastp命令在数据库中搜索。

2、错误

按照blast手册上的指导，为了加快搜索的过程，使用mask文件。从Uniprot下载的序列文件sequences.fasta，内容如：

>sid1

xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

>sid2

xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

.................................................................

1）创建mask文件：

segmasker -in sequences.fasta -infmt fasta -outfmt maskingfo_asnl_bin \

-out refsequences.asnb -parse_seqids

2) 创建数据库

makeblastdb -in sequences.fasta -input_type fasta -dbtype prot -out uniprot \

-title "Uniprot" -parse_seqids

3) 序列比对

blastp -db uniprot -query input.fasta -out output.txt -outfmt 7

结果报错：BLAST Database error: Error pre-fetching sequences data

3、解决方法

在创建mask文件和创建数据库时不使用parse_seqids。

segmasker -in sequences.fasta -infmt fasta -outfmt maskingfo_asnl_bin \

-out refsequences.asnb

makeblastdb -in sequences.fasta -input_type fasta -dbtype prot -out uniprot -title "Uniprot"

为什么？原因我也不知道，在网上查阅很多文章都不能解决，自己猜测是创建数据库出了问题，尝试把非必要的参数一个一个去掉，结果发现去掉parse_seqids参数后，就能使用balstp正确地获得比对结果。