生信技能3 - 生信流程中python程序的参数解析

本文介绍如何在生物信息学分析流程中利用Python的optparse模块进行参数解析。通过step01编写程序,并在step02运行程序观察解析结果,探讨了如何处理命令行参数,包括在PyCharm终端和Linux服务器上的实践操作。
摘要由CSDN通过智能技术生成

承接上一篇文章《生信技能2-Shell脚本传递参数解析与python程序实现交互》,在学习完如何使用shell脚本进行参数解析,这次学习如何在python中实现传入参数的解析。

optparse modlue基本用法

 1. 载入OptionParser类, 新建对象: OptionParser()
 2. 添加选项: add_option()
 3. 参数解析: parse_args()

step01: 编写python程序

vi parser.py  # linux服务器或pycharm创建python程序

##############以下为代码内容###############
import optparse

if __name__ == "__main__"
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