全外显子测序分析流程4 - GATK碱基校正 + Calling变异

于 2024-09-10 19:49:34 发布
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分类专栏： 生信分析项目进阶技能合集 文章标签： python 数据分析 bash
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全外显子测序分析流程4 - GATK碱基校正 + Calling变异

本流程通过GATK碱基校正生成碱基质量校正后的BAM文件，并对该文件运用执行GATK HaplotypeCaller 获得未过滤的VCF文件，通过提取snp和indel，并分别使用硬指标对提取获得的snp和indel VCF文件进行过滤，对过滤后的文件使用merge进行合并，后续进行变异位点注释。

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