功能富集泡泡图
功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路,对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用,也是文章发表中一个有意义的美图。通常会用柱状图、泡泡图和热图进行展示。热图的画法之前已经介绍过,这次介绍下富集分析泡泡图, 其展示的信息是最为全面的,也是比较抓人眼球的。
但有时出来的结果还需要进行一些筛选处理然后重新绘图,本文介绍如何根据clusterProfiler
的输出结果绘制富集分析图。本文虽主推clusterProfiler
, 但绘图方法适用于所有富集分析的输出结果。
一步绘制富集分析图
假设有这么一个富集分析结果矩阵 (文件名为GOenrichement.xls) 存储了EHBIO样品和Baodian样品中各自上调的基因富集的通路。
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Description 为GO通路的描述,也可以是KEGG通路。
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GeneRatio 为对应通路差异基因占总差异基因的比例,本列可以用分数或小数表示,都可以处理。
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qvalue 表示对应通路富集的显著性程度,可以是log处理过的,也可以是原始的。
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Count 为对应通路差异基因数目。
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Type 这个矩阵合并了EHBIO样品和Baodian样品中各自上调的基因富集的通路,用Type列做区分。如果只有一个样品可不要。
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考虑到手机屏幕小能显示的字符有限,只保留了输出结果中用到的列,实际使用时,整个输出结果文件可以作为输入,不相关的列会忽略掉,不影响出图。
Description GeneRatio qvalue Count Type
ERBB signaling pathway 7/320 0.001836081 7 EHBIO_up
regulation of ERBB signaling pathway 5/320 0.003886659 5