R语言学习 - 富集分析泡泡图

功能富集泡泡图

功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路，对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用，也是文章发表中一个有意义的美图。通常会用柱状图、泡泡图和热图进行展示。热图的画法之前已经介绍过，这次介绍下富集分析泡泡图, 其展示的信息是最为全面的，也是比较抓人眼球的。

但有时出来的结果还需要进行一些筛选处理然后重新绘图，本文介绍如何根据clusterProfiler的输出结果绘制富集分析图。本文虽主推clusterProfiler, 但绘图方法适用于所有富集分析的输出结果。

一步绘制富集分析图

假设有这么一个富集分析结果矩阵 (文件名为GOenrichement.xls) 存储了EHBIO样品和Baodian样品中各自上调的基因富集的通路。

• Description 为GO通路的描述，也可以是KEGG通路。

• GeneRatio 为对应通路差异基因占总差异基因的比例，本列可以用分数或小数表示，都可以处理。

• qvalue 表示对应通路富集的显著性程度，可以是log处理过的，也可以是原始的。

• Count 为对应通路差异基因数目。

• Type 这个矩阵合并了EHBIO样品和Baodian样品中各自上调的基因富集的通路，用Type列做区分。如果只有一个样品可不要。

• 考虑到手机屏幕小能显示的字符有限，只保留了输出结果中用到的列，实际使用时，整个输出结果文件可以作为输入，不相关的列会忽略掉，不影响出图。

Description    GeneRatio    qvalue    Count    Type
ERBB signaling pathway    7/320    0.001836081    7    EHBIO_up
regulation of ERBB signaling pathway    5/320    0.003886659    5