https://www.jianshu.com/p/a1f312b60569
http://www.360doc.com/content/16/0711/10/26456292_574656968.shtml
diff_gene.entrez文件,是通过各种差异基因软件找出来的差异基因的entrez ID号列表,每一个ID号一行,几百个差异基因就几百行
http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-971259.html
上述表格为差异基因的KEGG Pathway富集分析结果表格。
ID: KEGG 数据库中通路唯一的编号信息。
Description :Gene Ontology功能的描述信息
GeneRatio:差异基因中与该Term相关的基因数与整个差异基因总数的比值
BgRation:所有( bg)基因中与该ID相关的基因数与所有( bg)基因的比值
pvalue: 富集分析统计学显著水平,一般情况下, P-value < 0.05 该功能为富集项
p.adjust 矫正后的P-Value
qvalue:对p值进行统计学检验的q值
Count:差异基因中与该Term相关的基因数
setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\ref")
a=read.table("diff_gene.entrez")
require(DOSE)
require(clusterProfiler)
gene=as.character(a[,1])
ego <- enrichGO(gene=gene,organism="human",ont="CC",pvalueCutoff=0.01,readable=TRUE)
ekk <- enrichKEGG(gene=gene,organism="human",pvalueCutoff=0.01,readable=TRUE)
write.csv(summary(ekk),"KEGG-enrich.csv",row.names =F)
write.csv(summary(ego),"GO-enrich.csv",row.names =F)