ggalluvial_桑基图

这篇博客介绍了如何使用ggalluvial库在Python中创建桑基图,通过实例展示了从编造数据到配置坐标轴的完整过程,包括连线图、着色、堆叠条的添加以及坐标轴的翻转,适用于数据可视化和分析。
摘要由CSDN通过智能技术生成

需要的包

setwd("D:/R/working_documents1")
library(dplyr)
library(magrittr)
library(purrr)
library(tibble)
library(tidyr)
library(ggplot2)
library(readr)

library(ggalluvial)

编造数据

举个例子,我们有三个人,假设A,B,C,他们经常出门(名为name),
然后呢,他们分别会去不同的地方(名为place的列),但是,出门的目的(列名为obj)有时可能是玩,
也有可能 是工作,然后呢,每次出差,待的天数不定(列名为days)。


df_dat <- data.frame(name = rep(c("A", "B", "C"), each = 3), 
                     place = c("SH", "BJ", "NJ", "NJ", "BJ", rep("BJ", 3), "SH"),
                     obj = c(rep(c("eat", "play"),  each = 4), "eat"),
                     days = round(rnorm(9, 5, 2),
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你好!对于R语言多层桑基图的绘制,你可以使用`ggalluvial`包来实现。这个包提供了一种直观的方式来展示微生物组分类学及丰度的信息。 首先,你需要安装`ggalluvial`包。可以使用以下代码安装: ```R install.packages("ggalluvial") ``` 安装完成后,你可以加载这个包: ```R library(ggalluvial) ``` 接下来,你需要准备绘制桑基图所需的数据。通常,你需要一个数据框,其中包含了不同分类学级别的分类信息和相应的丰度值。 例如,假设你有以下示例数据: ```R data <- data.frame( Kingdom = c("Bacteria", "Bacteria", "Bacteria", "Archaea", "Archaea"), Phylum = c("Proteobacteria", "Firmicutes", "Actinobacteria", "Euryarchaeota", "Crenarchaeota"), Class = c("Alphaproteobacteria", "Clostridia", "Actinobacteria", "Methanobacteria", "Thermoprotei"), Abundance = c(0.4, 0.3, 0.1, 0.05, 0.15) ) ``` 接下来,你可以使用`ggplot`函数创建一个基础的绘图对象,并使用`geom_flow`函数来添加桑基图的流动路径: ```R ggplot(data, aes(axis1 = Kingdom, axis2 = Phylum, axis3 = Class, weight = Abundance)) + geom_flow() ``` 这将创建一个简单的桑基图,其中不同分类学级别之间的流动路径根据丰度值的权重进行调整。 你可以根据需要进一步自定义绘图,例如添加标签、调整颜色等。`ggalluvial`包提供了很多选项来自定义桑基图的外观和布局。 希望这个回答能帮到你!如果你有任何其他问题,请随时问我。
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