Pymol 移动配体操作

已于 2023-03-06 10:30:31 修改
阅读量5.6k 收藏 2
点赞数 1
分类专栏： DrugAi 文章标签： 人工智能
于 2023-03-06 09:54:06 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42486623/article/details/129355225
版权

Pymol 移动配体操作


第一步 蛋白和配体分离

第二步 将蛋白设置为保护对象， 分子为非保护对象


第三步 点击窗口可视化编辑模式转变为编辑模式


第四步 配体移动， 按住 shift + 按住滚轮来拖动配体

第五步标签的移动， 按住ctrl + 按住左键来拖动标签

PyMOL简单操作图文介绍
Obsidian_wz的博客
09-09 3794
关于PyMoL简单的命令行操作及鼠标操作。 PyMOL 可以参考这篇文章： https://cloud.tencent.com/developer/news/338169 提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考 一、pandas是什么？ 示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数据分析任务而创建的。 二、使用步骤 1.引入库 代码如下（示例）： import numpy as np import pandas as pd import matpl
Pymol加标签
Qiankun Wang的博客
09-17 1万+
关于Pymol的label： label命令格式如下： Pymol>label selection,expression 其，selection为已命名的对象，expression为标签的内容，如name,resn,resi,chain等。 label的一些设置： 投影模式： Pymol>set label_shadow_mode,3 可选值： 0：无投影。 1：object有投影到
PyMOL操作手册
itwangyang520的博客
11-29 6911
虽然 PyMOL 中提供了多种颜色可供选择，有关 PyMOL 中的各种颜色，可在以下链接进行查看：很多时候我们需要设置自定义的颜色，只需要提供颜色的 RGB 代码即可。用法为：比如我们自定义一个“color1”，之后就可以直接使用该颜色进行着色：现在我们就可以直接应用自定义的颜色了，如：蛋白二级结构主要通过主链几何结构和氢键模式来确定的，PyMOL 默认使用 DSSP 算法分配二级结构类型。
PyMOL作图：设置标签（Label）
MurphyStar的博客
01-04 1万+
PyMOL标签（Label）的默认字体、大小和位置等参数通常需要进行调整以满足出版图片的高质量要求。因此，我们需要深入了解标签的详细信息，以设置适当的标签参数。在PyMOL中，使用Label和set命令可以轻松修改标签的各种属性，包括标签大小（label size）、标签颜色（label color）、标签位置（label positioning）、标签字体（label font）等等。
Pymol教程--移动对象模拟分子对接
发呆的比目鱼的博客
05-31 4316
Pymol教程--移动对象模拟分子对接
pymol配体平移与旋转
weixin_43364556的博客
03-01 5077
背景 目标：检测两个不同蛋白的相对位置情况下对接的准确度，因此需要平移和旋转配体蛋白 操作步骤 旋转和平移 将配体和受体保存为两个object 选择配体–>drag matrix 按下shift+鼠标左键可以完成配体的旋转 按下shift+按下鼠标中间的滑轮可以实现平移 注:如果操作之后不起作用再来一遍。 ...
PyMol选择配体周围的氨基酸残基
MurphyStar的博客
08-04 7630
经常使用做蛋白质和小分子的可视化，可以直接生成用于文章发表的高质量图片，图片生成可参考等教程。但是，用了这么久一直没发现。考虑到目前很多深度学习算法用口袋周围的氨基酸来计算预测亲和力、并在一些场景下我们想聚焦只关注配体周围局部范围内的氨基酸与其相互作用，因此需要在pymol中达到这一功能。在预设的Action中并不存在这种可扩展的选项，但pymol的命令行可以实现这一功能，很简单，只需一行即可。
pymol使用
yin1331102028yin的博客
12-08 2177
1.对于around用法：Selects atoms with centers within X Angstroms of the center of any atom in s1。2.对于expend用法：Expands s1 by all atoms within X Angstroms of the center of any atom in s1。select 5A， byres ligand around 5[/code] PS： 配体5埃范围内的残基。补充：对于选择几埃范围内的原子。
分子对接结果用pymol把氨基酸改成配体LIG
最新发布
03-16
4. **移动配体至目标位置** 如果配体尚未处于正确的位置上，可手动将其平移到目标氨基酸所在区域。也可以利用自动化脚本来精确控制坐标变换[^1]。 ```python align lig, target_residue ``` 5. **设置显示...
【分子建模高级课程】：PyMOL专业操作与案例精讲
首先，提供了PyMOL界面和基本操作的概览，包括用户界面布局、分子加载与显示控制，以及快捷键和脚本操作。接着，深入探讨了分子编辑和处理技巧，如分子选择、编辑、对齐、比较和结构修饰。第四章重点介绍了PyMOL在...
pymol 基本操作
01-05
pymol的基本使用操作，入门级的好资料。简单实用。
【蛋白-配体】：蛋白-配体相互作用模拟：策略与技巧大公开
本论文详细探讨了蛋白-配体相互作用的理论基础及其模拟方法。首先，介绍了蛋白-配体相互作用的基本概念、分子建模类型以及分子动力学模拟的基础知识。接着，分析了结合位点的预测方法和评估技术，以及相互作用的定量...
使用 PyMOL 将靶点与配体复合物中的靶点和配体拆出来
周迪新的博客
12-01 4358
文章目录一、打开 PyMOL二、开始表演依次在 pymol 中间的框框里输入下面的命令 一、打开 PyMOL ubuntu 安装 pymol 教程 二、开始表演 依次在 pymol 中间的框框里输入下面的命令 fetch 1OYT remove resn HOH h_add elem O or elem N select 1OYT-FSN, resn FSN #Create a selection called 1OYT-FSN from the ligand select 1OYT-receptor, 1
使用PyMOL绘制蛋白与配体分子结合模式图
热门推荐
生化环材
04-17 3万+
摘要 本文将带大家使用免费开源的PyMOL软件绘制D715-2441蛋白与与PB2cap配体分子的结合模式图。 我们先来看一张成品图： 研究背景 根据分析结果，我们获得以下相互作用： 1、化合物D715-2441的芳环夹在氨基酸残基H357和F404之间并形成π-π堆积作用，还与F404形成疏水作用； 2、化合物苯环上的羟基与E361的羧基和K376的N+原子形成氢键作用，另一个羟基与F404的O原子形成氢键作用； 3、化合物吡喃酮环酯基与K339的N+原子和H357的咪唑基形成盐桥作用。
Pymol中如何保持蛋白部分残基不动，移动另一部分残基。
yqyang1的博客
03-28 8894
这里以移动蛋白分子中的一个残基为例，如果要移动较多残基的话只需要选中多个残基即可。 任意打开一个 pdb 文件，show as lines。 点击 Pymol 右下角 S 显示蛋白残基序列。 在这里为了方便演示，就 copy 一个残基来说明操作方法。任意选中一个残基 -> A -> copy to object。 右键点击 Pymol 右下角。选择 editing 编辑模式。 选...
根据共晶结构找配体中心以及配体盒子（pymol）
qq_43164247的博客
07-08 2401
根据蛋白质配体结构找配体盒子
PyMOL中常用的命令列表
itwangyang520的博客
11-01 7600
以下是一个完整的PyMOL操作流程，包含加载文件、去除水分子、设置颜色、展示小分子和蛋白质的相互作用、标记名称、添加透明背景以及保存超清4K图像的所有步骤。这里假设蛋白质和小分子分别存储在不同的PDB文件中。：选择小分子与蛋白质之间的相互作用区域（例如，5 Å内的原子）。：标记小分子名称和关键残基，以便更好地了解相互作用。：标记小分子和蛋白质之间的距离，以量化相互作用强度。：可以用不同样式展示蛋白质和小分子，使其更易识别。：检测氢键和疏水作用，并自动添加连线。：对选定的分子区域应用不同的显示样式。
分子对接前准备：大小分子加氢
DaDaLiu18的博客
06-27 2384
删除水分子：在pymol>框中输入：remove solvent，除蛋白结构中的小分子配体：remove organic,Select选择PI3K，点击save, 储存为PI3K_REV.pdb.删掉PI3K蛋白质，edit->delete,导入小分子，与蛋白质导入相同的步骤，同样的进行加氢处理，ligand->input->choose,选择小分子作为ligand。输出小分子，ligand->output->save as 64971.pdbqt,得到小分子的pdbqt格式的文件。同时对扭转键进行检测。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

发呆的比目鱼

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值