PyMOL技巧：用颜色映射蛋白质每个残基对结合能的贡献

❝

计算蛋白-蛋白、蛋白-DNA、蛋白-小分子体系的结合能（如MM/PBSA或MM/GBSA）是分析复合物结合强度的常用方法。通过将总体结合能分解到各个氨基酸残基上，可以直观地识别哪些残基在结合过程中贡献更大。为了更清晰地展示这些结果，可以在PyMOL中使用渐变色将残基的贡献结合能数值映射到三维结构上。本文将详细介绍如何在PyMOL中实现这一可视化效果。

文中用到的示例文件都可以在同名公主号后台回复：“250221”自取。

接下来，我们以amber分析软件的输出结合能的文件为例进行演示：

• 能量文件名：FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat
  蛋白文件名：com1.pdb (该文件已经除去氢原子)

使用如下python脚本,提取FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat文件中各个残基的结合能贡献值，并把数值添加到蛋白文件的B因子所在的列。最终输出文件out1.pdb

filename = "FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat"
pdbfile = "com1.pdb"#pdb文件需要事先除去氢

residue_list = ["ALA","ARG","ASN","ASP","CYS","GLN","GLU","GLY","HIS","ILE","LEU","LYS","MET","PHE","PRO","SER","THR","TRP","TYR","VAL","CYM","HID","HIP","HIE","CYX" ]

#将单个残基对结合能贡献数值提取到列表
f = open(f'{filename}','r')
i=0
Energy_list = []
for line in f:
    i += 1
    if i >= 9 and len(line) >= 17:
        Energy_list.append(round(float(line.split(",")[17]),2))
        #print("Energy(kj/mol):",line.split(",")[17])
        #print("std:",line.split(",")[18])

# 将能量数值嵌入b因子所在列
f = open(f'{pdbfile}', 'r')
line_list = []
new_line_list = []
i = 0
j = 0
for line in f:
    if len(line.split()) >= 3:
        i += 1
        if i < 2:
            line_list.append(line)
            new_line = '{0:60}{1:>6}'.format(line[0:60], Energy_list[j])
            new_line_list.append(new_line)
        if i >= 2:
            line_list.append(line)
            resname = line[17:20]
            resid = line[20:26]
            if resid == line_list[i-2][20:26] and resname in residue_list:
                new_line = '{0:60}{1:>6}'.format(line[0:60], Energy_list[j])
                new_line_list.append(new_line)
            elif resname in residue_list:
                j += 1
                new_line = '{0:60}{1:>6}'.format(line[0:60], Energy_list[j])
                new_line_list.append(new_line)
print("最小贡献残基能量：",max(Energy_list))
print("最大贡献残基能量：",min(Energy_list))

#输出文件
with open("out.pdb", 'w') as f1:
    for line in new_line_list:
        f1.write(line + '\n')

将上述内容存储为run.py，执行改脚本文件：

python run.py

此时你会得到文件out.pdb，使用pymol打开，用b-factor的着色方式显示（如下图所示）：

默认颜色越偏向暖色调表示残基的结合能数值越是偏大，相应地对结合的贡献越小；反之颜色越是偏向冷色调表明该残基的结合能越小，相应地对结合贡献越大。

当然,如果你想要在pymol中自定义着色方式，以及自定义颜色和数值的对应范围，可以在pymol内部命令行内输入下条语句：

spectrum b, blue_white_red, minimum=-15, maximum=5

上条语句的含义是：将 B-factor（这里替换成了残基的能量贡献数值） 在 -15 到 5 之间映射为从蓝到白再到红的渐变。使用演示如下所示：