生信小知识 | S​eqlogo图快速绘制的必备技能

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Seqlogo图用途很广，Chip-seq测序完后转录因子结合元件图、蛋白的单个motif图、启动子预测上游转录因子结合元件图等等，怎么快速绘制不求人，大家看下以下三种方法，总有一种你喜欢的！

R语言绘制

#代码如下
BiocManager::install("motifStack")
library("motifStack")
pcm <- read.table("input.pcm")
pcm <- pcm[,2:ncol(pcm)]
rownames(pcm) <- c("A","C","G","T")
motif <- new("pcm", mat=as.matrix(pcm), name="bin_SOLEXA")
## 生成图形
plot(motif)

其中input.pcm是配置文件，格式如下：

#格式如下，其中的数值代表出现的次数
A    0    1    16    1    0    0    0    0    16    0    0
C    0    0    0    0    0    0    16    16    0    0    0
G    0    8    0    15    0    0    0    0    0    16    16
T    16    7    0    0    16    16    0    0    0    0    0

具体R语言中界面如下：

结果可以非常清晰的展示：

Weblogo

WebLogo是一个在线网站，其网站地址如下所示：

https://weblogo.threeplusone.com

打开网页如下图：

点击红色框框进行绘制图片：

在中间的白色框内粘贴对齐的序列：

根据具体需要，创建Seqlog图：

Tbtools

相信好多小伙伴都知道tbtools工具了，它也有这个seqlogo图绘制功能，图片还非常不错，支持多种格式下载。

点击Seqlogo模块，输入如下序列，一定要是对齐的，没对齐记得先进行多序列比对对齐即可：

TTAATATTCCCCAATACCCCAG
TTGGTTTGCTCCAATATCTTAA
TTGGTTTGCTCCAATATCCCAT
TTGGTTTTCTCCAATATCACAA
ATAGTTTCATCCAATATCTTAA
TCAGTAAACTCCAAAATCTCAT
TTAGTCAACTCCAACATCTCAT
TTGGCTTACTCCAATATCTCAA
TTAATTTCCTCCAATATTTTAT
TTAATTTCTTCCAACATCTTAA
TTAATTTCCTCCAATTTCCAAA
TTAATTTCTTCCAATATCATAT
ATAGTTTCCTCCAAGTTCTCAC
TTAATCATCCCCAATATCTTAA
TTGGTTTTCTCCAATATCACAA
TTGGTTTTCTCCAATATCACAA
TTGGTTTTCTCCAATATCACAA
TTAATATTCCCCAATACCCCAG
TTAATTTTCTCCAATATCACAA
TAAGTTTCCTCCCATATCTCTA
TTAGTTTTCACCAATATCTCGA
TTGGTTTTCTCCAATATCACAA
TTGGTTTTCTCCAATATCACAA
TCAGTTTCCTCCGACTTCTTAA
TTAATTTCCTCCAATTTCCAAA
TTAGTTCACACCAATATCTTAT
TTAGTTCACACCAATATCTTAT
TTAGTTTCCTCCTACATCTCAA
TTAGTTGCCTCCAAAACCTTAA
TCAGTTTCCTCTAGCATCTAAG

得到图片也非常漂亮，基本可以直接使用了。

以上三种方法均是免费的，是不是get到了新知识了！

小伙伴们，是不是超级方便，导师再问你seqlogo图怎么绘制，再也不用傻傻的花钱找人绘制了吧！现在你应该知道绘制了吧，学会了吗？学会了不要忘了转发朋友圈，点赞点赞噢！

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今天就先给大家介绍到这里，希望大家的科研能有所帮助！祝您科研顺利快乐！

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