在做完转录组测序后,经常需要对测序结果进行验证,这时使用比较多的方法就要数qPCR了,在进行转录组测序验证的时候,使用比较多的是相对定量,一般是为了比较感兴趣的目的基因,在不同的样本中表达量的差异。
相对定量并不是测定基因的绝对量,而是分别测定目的基因和管家基因的量,再以管家基因的量为依据对目的基因进行校正,最终求得相对表达量。常用方法包括标准曲线定量和△△Ct方法等。
凌波微课云平台新推出的“qPCR相对定量基因丰度计算和绘图”工具,只需上传qPCR数据,即可自动计算△△Ct值,同时利用计算出的平均△△Ct值绘制相应的柱状图,从分析到绘图一键完成!
分析界面
下面我们一起看看使用方法吧:
第一步 上传数据:
数据格式一般为制表符分隔的txt文件,第一列为处理组名,第二列为生物学重复,第三列为技术重复,第四列为目标基因的Ct值,第五列为管家基因的Ct值。这一数据表是由qPCR仪器生成的。
上传表格点击“提交”后任务开始运行,运行完毕后点击任务编号即可查看结果。
示例结果
相对定量基因丰度计算结果文件
平均△△Ct值柱状图
是不是简单又方便,导师再也不用担心我的计算啦!快上凌波微课云平台使用吧!需要qPCR实验服务的小伙伴,也可以给我们留言哦。