IF＞22| 一文解析宏基因Catalog怎么做

宏基因组基因目录（Catalog）是指利用大量的宏基因组数据，分析特定环境中的所有微生物的数据，可用于表征该环境中微生物特点、功能，是微生态研究的重要手段。近日，凌恩生物客户——浙江省农科院杨华/肖英平组在iMate发表题为 “Duck gut metagenome reveals the microbiome signatures linked to intestinal regional, temporal development, and rearing condition” 的研究文章。以该文献为例，小编带大家了解标准的宏基因Catalog怎么做！

样本收集

共采集375份鸭肠道内容物样本，包括4个不同品种（野鸭、麻鸭、北京鸭、番鸭），5个不同生长阶段（3、7、14、42和70日龄）、5个不同肠段（十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠）以及2种不同养殖模式（水养、旱养）

测序方法及数据量

Illumina 测序，375个样本测序获得6.8 Tb 数据，大约457亿个reads；

宏基因组Binning，组装出肠道4437个宏基因组装基因组（MAGs）。

主要分析内容

1、鸭肠道微生物参考基因集和MAGs

375个样本共获得6.8 Tb的illumina数据，构建了一个含有24,602,722个基因的非冗余鸭肠道微生物基因目录（RGMGC）。RGMGC中的基因按来源分类，细菌占93.2%，古菌占0.39%，真核生物占0.58%，病毒占0.21%（图1A）。71.65%、41.88%、3.6%的基因可被COG、KEGG、CAZy注释到（图1B）。四个品种间基因目录进行比较分析，分析不同品种鸭的特有基因和共有基因（图1C）。通过α多样性和β多样性评估每个品种基因、属水平和KOs的相对丰度（图1D）。进一步将鸭的基因目录与人类、猪和鸡的肠道基因目录进行比较，分析特有基因和共有基因（图1E）。在基因、属水平和KO功能水平上，对鸭、猪、鸡和人的α和β多样性进行评估（图1F）。鸭肠道MAGs在不同分类学水平上的展示（图2）.

图1 鸭胃肠道微生物参考基因目录

图2 鸭肠道MAGs的生成与质量评估

2、鸭肠道微生物的功能与分类学特征

根据形态和功能鸭类肠道可分为前肠（十二指肠、空肠和回肠）和后肠（盲肠和结直肠）（图3A），α多样性、β多样性、物种组成分析前后肠微生物差异及组成（图3B C D E）。基于KOs分析不同肠段肠道菌群功能差异，深地理解肠道微生物群的区域功能差异性（图3F）。

图3 鸭肠道微生物的功能与分类学特征

3、鸭肠道微生物碳水化合物活性酶（CAZymes）的区域特征

肠道作为主要的消化器官，其分解碳水化合物的能力值得关注，作者重点分析了碳水化合物活性酶的区域特征，发现在不同的肠段中，不同的菌群物种编码了相似的CAZymes。

图4 鸭肠道微生物组碳水化合物活性酶的区域特征

4、鸭肠道微生物随生长时间的发育轨迹

研究者分析了肠道微生物随鸭生长阶段的发育轨迹。发现随着生长发育，肠道微生物多样性呈增加趋势，在第14天达到基因和属水平的高峰（图5A，B）。在42天和70天的群组显示出较高的相似性，表明在晚期肠道微生物群落稳定（图5C）。研究者进一步分析了不同鸭品种肠道微生物群演替变化。

图5 鸭肠道微生物随生长时间的发育轨迹

5、不同养殖条件下鸭肠道微生物组成、功能特征以及耐药基因变化

分析不同养殖条件对肠道微生物组成和功能的影响，发现水养模式（WW）增加了属水平和功能KOs的α多样性，降低了基因的β多样性（图6A）。旱养模式（WOW）条件在涉及到碳水化合物、氨基酸、脂质、能量代谢的途径中表现出显著富集，WW条件影响了辅因子和维生素代谢、多糖代谢、萜烯和多酮代谢以及核苷酸代谢等途径（图6C，D）。不同养殖条件也影响了鸭肠道耐药基因变化及分布特征。

图6 不同养殖条件下观察到的功能性变化

总  结

构建宏基因组目录需要收集大量的样本（建议≥300份），分析物种、肠段、饲养方式等不同情景下的微生物多样性及功能。进一步分析与取样部位相关的功能特点。是不是很简单？来吧，凌恩生物全新升级的宏基因binning测序分析流程，该分析策略不仅可以有效区分原核生物和真核生物序列，还可以发现新物种。凌恩生物丰富的项目经验，为您的科研之路保驾护航。

参考文献

Duck gut metagenome reveals the microbiome signatures linked to intestinal regional, temporal development, and rearing condition.iMeta,2024.

原文链接

Doi.org/10.1002/imt2.198