产品升级！宏基因组抗性基因传播转移分析方案

抗生素耐药性问题严重威胁全球公共健康，抗生素抗性基因（ARGs）已成为一类备受关注的新型环境污染物。ARGs在环境中分布广泛，并可在相同种属或不同种属生物间传递，由此易形成多重耐药性致病菌，严重威胁人群健康及生态安全。基因水平转移是ARGs传播的主要途径，其可受环境共存物质调控，进而影响耐药性传播风险。水平转移是微生物遗传多样性和耐药性进化的重要驱动力，对环境保护、临床治疗以及微生物生态学研究具有重要意义。

凌恩生物新开发的宏基因组抗性基因转移分析项目流程，包含五大数据库，全方位注释挖掘样本中的抗性基因，分别为抗生素抗性基因（SARG）、金属抗性基因（MRG）、杀菌剂抗性基因（BRG）、可移动基因单元（MGE）以及细菌致病菌毒力因子（VFDB）。

本分析流程针对抗性基因的转移进行抗性基因与可移动元件的位置分析、不同抗性基因之间的位置关系分析，同时包含抗性基因的数量统计及丰度计算，抗生素抗性基因抗性机制及风险等级评估、抗生素耐药性风险指数ARRI分析、含抗性基因contig（ARC）物种注释、病原微生物注释以及病原微生物与抗性基因与抗性基因关联分析等在内的一系列深入研究结果，能够满足广大科研工作者的需求。分析及作图可直接用于文章发表。

部分结果展示

1、位置关系分析

MGEs和SARGs关联分析（Type水平）

MGEs 和MRGs关联分析

2、含抗性基因contig（ARC）物种注释

含抗性基因contig（ARC）物种注释

物种门水平和MGE和SARG抗性基因type的映射关系

3、病原微生物与抗性基因关联分析

病原菌和SARG的相关分析（Type）

4、抗性基因与可移动元件丰度热图

抗性基因丰度热图（type）以SARG为例

抗性基因丰度差异热图（type）以SARG为例

5、比较分析

染色体和质粒之间的SARG数量比较分析

不同样品之间染色体和质粒之间的数量比较分析

6、抗生素耐药性风险指数ARRI分析

SARG和ARRI相关性分析

MGE和ARRI相关性分析

研究案例

1、经典案例：全球分布的矿区环境是多重耐药基因的未被充分探索的热点区域

题目：Globally distributed mining-impacted environments areunderexplored hotspots of multidrug resistance genes

期刊：The ISME Journal

影响因子：10.8

发表时间：2022

采矿是影响范围最广的人类活动之一，采矿影响下的环境通常含有高浓度的金属，这些金属能够与抗生素耐药基因（ARGs）在微生物中共同选择。然而，在受到采矿影响的环境中，ARGs的研究仍处于起步阶段。

本研究利用来自全球范围的数据收集产生的272个宏基因组以及中国两次全国性采样活动的数据，对全球范围内的此类环境中的ARGs进行了全面研究。多药耐药基因占总ARG丰度的40%，倾向于与多金属耐药基因共同存在，并且具有高度的移动性（例如，平均有16%存在于质粒中）。在1848个高质量的宏基因组组装基因组（MAGs）中，85%至少携带一个多药耐药基因和一个多金属耐药基因。这些携带ARG的MAGs具有高质量的基因组，极大地扩展了ARG宿主的系统发育多样性，为古菌域和三个细菌门提供了首批携带ARG的MAG代表。此外，还鉴定出54种高质量的携带ARG的MAGs，它们可能具有致病性。

图 研究矿区中抗生素耐药基因（ARGs）和多重耐药基因（MRGs）的共现模式

图 研究矿区中ARGs的转移情况

2、客户文章：乳酸菌接种对苜蓿青贮中抗生素耐药基因生物降解的影响的宏基因组学研究

题目：Metagenomics insights into the effects of lactic acid bacteria inoculation on the biological reduction of antibiotic resistance genes in alfalfa silage

期刊：Journal of Hazardous Materials

影响因子：13.8

发表时间：2022

客户单位：兰州大学

抗生素耐药基因（ARGs）是一种新型污染物，对公众健康构成重大威胁。然而，作为反刍动物主要饲料的苜蓿青贮中ARGs的分布和传播风险尚未得到研究。

本研究首次通过宏基因组学研究了植物乳杆菌MTD/1或布氏乳杆菌40788接种对苜蓿青贮饲料中ARGs分布和传播机制的影响。结果显示，多重抗药性和杆菌肽抗性基因是青贮苜蓿中占主导地位的抗性基因。大多数ARGs属于抗生素失活（152个ARGs）和外排泵（89个ARGs）机制。ARGs可以通过由质粒、转座子和整合子等组成的MGE促进的HGT在微生物或病原体之间转移。对于MGE，在新鲜苜蓿和苜蓿青贮饲料中观察到五种类型，包括170个亚型。与30%DM相比，添加40%DM的紫花苜蓿青贮料中ARG、MGES和细菌种类的共生模式更加复杂，ARGs亚型也更多。这一结果进一步证明，萎蔫过程可能会增加紫花苜蓿青贮料中ARGs的HGT风险。总之，接种本研究的乳酸菌可以减少动物生产用的青贮苜蓿中ARGs的传播，并且植物乳杆菌处理的青贮饲料的效果优于布氏乳杆菌处理的青贮饲料。

图 不同处理的苜蓿新鲜和苜蓿青贮饲料中的抗生素抗性基因（ARGs）。

图 网络分析揭示了在30% DM和40% DM的苜蓿青贮中，抗生素耐药基因（ARGs）、可移动遗传元件（MGEs）和微生物（按属级划分）之间的共存关系

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参考文献

1、Globally distributed mining-impacted environments are underexplored hotspots of multidrug resistance genes. The ISME Journal, 2022. https://doi.org/10.1038/s41396-022-01258-z

2、Metagenomics insights into the effects of lactic acid bacteria inoculation on the biological reduction of antibiotic resistance genes in alfalfa silage. Journal of Hazardous Materials, 2022. https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2022.130329