全局GC含量计算

#!/bin/bash

# 检查是否提供了文件名
if [ $# -eq 0 ]; then
    echo "Usage: $0 <fasta_file>"
    exit 1
fi

# 读取FASTA文件名
fasta_file=$1

# 检查文件是否存在
if [ ! -f "$fasta_file" ]; then
    echo "File not found!"
    exit 1
fi

# 初始化变量
total_gc_count=0
total_base_count=0

# 处理FASTA文件
while read -r line; do
    if [[ $line != ">"* ]]; then
        # 计算当前行中的GC含量
        gc_count=$(echo "$line" | grep -o "[GCgc]" | wc -l)
        base_count=$(echo -n "$line" | wc -c)
        
        # 累加到总计数中
        total_gc_count=$((total_gc_count + gc_count))
        total_base_count=$((total_base_count + base_count))
    fi
done < "$fasta_file"

# 计算总的GC含量
if [ $total_base_count -gt 0 ]; then
    gc_content=$(echo "scale=2; $total_gc_count * 100 / $total_base_count" | bc)
    echo "Total GC Content: $gc_content%"
else
    echo "No sequence data found in the file."
fi